По Аристотелю, сущностями обладают только вещи (натуралии) и в этом смысле они реально существуют; любые группировки вещей (универсалии) не имеют собственного бытия, отдельного от бытия вещей, поскольку лишены собственных сущностей. Есть лошадь как таковая – но нет «лошадности». Однако при доработке аристотелевского учения схоластами возникает принципиально важное с точки зрения систематики представление об иерархии сущностей: вещи определяются пер-восущностями (греч. дроте опта), вторые сущности проявляются в видах и родах (Griffiths, 1974; Гайденко, 1980, 2003; Соколов, 2001). При этом, поскольку в основе всего лежат перво сущности, в названной иерархии, в отличие от платоновской, вид реальнее рода, а низший род реальнее высшего рода: в этом ряду объективное содержание понятия сущности последовательно вытесняется логическим. Поэтому вторые сущности представляют собой результат познавательной деятельности – то, что позже Линней назовёт «продуктом ума» (см. 3.5).
Для формирования онтологических оснований классической систематики очень важен развитый Аристотелем общий натурфилософский принцип совершенствования, согласно которому каждая вещь занимает в Космосе своё строго определённое место и все эти «места» упорядочены в некий общий ряд от самых простых к самым сложным и совершенным (Лосев, Тахо-Годи, 1993). В Средние века и позже названный принцип обратился в представление о Великой цепи бытия, или Лестнице природы (Scala Naturae), или Лестнице совершенствования (Лавджой, 2001). Она означает, что все организмы упорядочены в единый ряд согласно степени их совершенства и находятся друг с другом в последовательной и строгой степени сродства. Эти представления будут весьма популярны в XVII–XVIII веках. В систематике им соответствует концепция рядоположенного Естественного порядка, одно время успешно конкурировавшая с аналогичной концепцией иерархической Естественной системы (см. 3.6.2).
В трудах Аристотеля впервые появляются основополагающие для систематики понятия рода (греч. γένοσ) и вида (греч. έίδοσ); последний – с иным, чем «эйдос» Платона, содержанием (Grene, 1974; Лосев, Тахо-Годи, 1993; Stamos, 2003; см. также 3.2). Следует подчеркнуть, что эти понятия у Аристотеля являются прежде всего логическими универсалиями, соотносятся с категориями качества (род) и количества (вид) и, вообще говоря, имеют двоякий смысл.