В силу сложной организации биологического разнообразия жёстко заданных границ между систематикой и другими классифицирующими дисциплинами не существует. В некоторых пограничных ситуациях строго определить сферу приложения систематики не всегда удается. Так, разнообразие лишайников являет собой пример такого рода ситуации между систематикой и биоценологией. В области паратаксономии (Bengtson, 1985; Мейен, 1988а; Krell, 2004) систематика частично перекрывается с мерономией; иногда паратаксономией называют предварительные исследования по разнообразию, не связанные с выделением собственно таксонов в традиционном смысле (Ward, Stanley, 2004).
Всё излагаемое в настоящей книге относится к таксономическому разнообразию в широком смысле, т. е. включая таксоны в общем их толковании – монофилы, биоморфы, феноны и т. п., но не разнообразие биогеографических и экологических группировок (см. 6.3.1). Всякий способ описания названного аспекта разнообразия будет обозначаться в общем случае как классификация или таксономическая система, обычно в качестве синонимов. Однако следует заметить, что такая терминология представляет собой огрубление: в некоторых таксономических концепциях классификации и системы соотносятся с сущностно разными аспектами разнообразия (Griffiths, 1974; Чебанов, 2007; см. 6.2).
Как всякая достаточно развитая научная дисциплина, сама систематика неоднородна и структурирована по разным параметрам. По онтологическим и гносеологическим основаниям, применяемым методам в ней выделяются направления и школы – например, типология, филогенетика, фенетика и т. д. По уровню рассмотрения таксономического разнообразия нередко разделяют макро- и микросистематику. По характеру решаемых задач выделяются разделы систематики – теоретический (таксономия), практический (систематизация, классифицирование, номенклатура) и прикладной (разработка определительных ключей и таблиц, идентификация экземпляров и т. д.).
Как отмечено в Предисловии, предметом рассмотрения является не вся биологическая систематика, а её теоретическая часть, которая здесь обозначена как таксономия (греч. τάξις – порядок и νομος – закон). Именно в таком смысле последнее понятие было заимствовано из философии и введено в систематику в первой половине XIX столетия О.-П. де Кандолем (см. 4.1.2). В современных классифицирующих разделах биологии соотношение между систематикой и таксономией определяется весьма по-разному (Small, 1989) – от их отождествления (Майр, 1947; Borgmeier, 1957; Rogers, 1958; Griffiths, 1974) до приписывания им существенно разных функций: одни авторы под таксономией понимают теоретический раздел систематики (Simpson, 1961; Sokal, 1962), другие – её практический раздел (Blackwelder, Boy den, 1952; Blackwelder, 1967), связанный с решением номенклатурных задач (Queiroz, Gauthier, 1992; Vergara-Silva, Winther, 2009). «Номенклатурный крен» в понимании таксономии был особенно силён в пору расцвета популяционной био систематики (см. 5.7.2.1). В типологии Мейена-Шрейдера (Мейен, 1975, 1978; Панова, Шрейдер, 1975; Мейен, Шрейдер, 1976) таксономия определена как изучение экстенсиональных аспектов многообразия организмов, ей дополнительна вышеупомянутая мерономия как изучение интенсионального аспекта этого многообразия (см. 6.1.1, 6.2).