После венчания «Дмитрий» распустил польское наемное войско и казаков, щедро всех одарив. Роспуск пришлых отрядов был одним из условий признания царя Боярской думой. Вдобавок в Москве нарастало возмущение наглым поведением «рыцарства». Кончилось все побоищем, в котором поляки убили много горожан. В ответ поднялись тысячи москвичей и осадили польские казармы. «Дмитрий», чтобы успокоить толпу, потребовал выдачи виновных, сам же пообещал полякам, что делает это для отвода глаз. Поляки выдали пятерых шляхтичей; их посадили в тюрьму, а потом тайно выпустили. Народ царь обманул, но с поляками ему пришлось расстаться. Сходно сложилось и с казаками. У казаков не было вражды с простым народом, зато их боялись и люто ненавидели бояре. Под давлением бояр «Дмитрий» распустил казачье войско, охранявшее Кремль. Это был ещё один шаг к его гибели.
Шла подковёрная борьба «Дмитрия» и Боярской думы. Бояре обволакивали царя паутиной ритуала и твердо держались за традиционный порядок, позволявший им принимать государственные решения. «Дмитрий» чувствовал себя скованным и попытался переделать Думу и подчинить своему влиянию. Борьба велась с переменным успехом. «Дмитрий» набрал секретарей поляков – братьев Бучинских, Яна и Станислава и С. Слоньского, но не мог дать им думных чинов. Поляки составили его Канцелярию и вместе с доверенными боярами (П.Ф. Басмановым, В.М. Масальским-Рубцом) под руководством «Дмитрия» вырабатывали политику государства, но проводить решения приходилось через Думу, и далеко не каждая идея царя принималась боярами.
Думу «Дмитрий» переименовал в Раду (Сенат), ввел в неё высшее духовенство, учредил чин «великого мечника». Царь вдвое увеличил Думу – Годуновы и Шуйские (ненадолго) уступили место царским «родственникам» Нагим, Басманову и боярам – участникам похода на Москву. «Дмитрий» вернул из ссылки многие боярские роды, в том числе уцелевших Романовых и Черкасских. Филарет (Фёдор Романов) был возведен в сан митрополита. Маленький Михаил, сын Филарета, получил в подарок «посохи: …рога оправлены золотом с чернью». Сохранилась составленная позже опись, где написано: «а по ерлыку тот посох Гришка Отрепьев Рострига поднёс… Михаилу Фёдоровичу». Самозванец напрасно надеялся задобрить бояр: старая аристократия была раздражена – безродный выскочка (в этом они не сомневались) желал править, а не царствовать. Отрепьев, человек блестяще способный, быстро схватывал суть обсуждаемых в Думе дел и нередко находил решение там, где затруднялись опытные бояре. Но его способности лишь усугубляли раздражение. Выступления царя не восхищали, а унижали бояр, годящихся ему в отцы и деды. Отрепьеву не хватало такта. Нередко он впадал в нравоучительный тон и советовал великовозрастным боярам поехать за границу и поучиться.