Постройку глубоководного аппарата, с помощью которого предполагалось вести поиск «Черного принца», контролировал лично Ягода. Аппарат конструкции инженера Даниленко позволял осматривать морское дно на глубине 80 саженей. Аппарат не только имел «механическую руку», но и был оборудован прожектором, телефоном и системой аварийного подъема в случае обрыва троса. Экипаж аппарата состоял из трех человек, воздух подавался по гибкому резиновому шлангу.
На московском заводе «Парострой» 10-тонный снаряд из сверхпрочной стали изготовили всего за три месяца. Руководил постройкой крупнейший инженерный авторитет СССР – Василий Шухов (создатель знаменитой телевизионной вышки в Москве). Ход работ контролируют лично Генрих Ягода и член Реввоенсовета СССР Иосиф Уншлихт.
Одновременно предприняли шаги по сбору как можно более точной информации о месте гибели «Принца». С гидросамолета произвели аэрофотосъемку Балаклавской бухты, опросили местных жителей – очевидцев дореволюционных поисков затонувшего корабля, послали даже запрос в Рим на имя инженера Рестуччи. Однако все эти усилия оказались тщетными – что-либо конкретное ЭПРОНу выяснить не удалось. Никто из опрошенных не мог указать точное место гибели «Принца». Показания оказывались крайне противоречивыми.
Наконец тральщики произвели промеры глубин, и весь предполагаемый район гибели «Принца» был разбит вехами на квадраты. В первых числах сентября 1923 года начали осмотр западных от входа в бухту подводных скал.
Первый советский водолазный врач Константин Алексеевич Павловский вспоминал впоследствии: «Нас было около тридцати, первых эпроновцев, а в распоряжении экспедиции испытанный снаряд Даниленко, баржа “Болиндер” с лебедкой и буксирный катер. Нам казалось, что найти “Принца” будет не так уж трудно: он был единственным железным судном, погибшим в том урагане. <…> Дно моря было сплошным кладбищем деревянных кораблей. Поначалу мы проходили мимо остатков из мореного дуба, цепей, якорей, мачтовых поковок, но кто-то предложил заняться попутно подъемом всего ценного, что встречалось на пути. В конце концов операции эти настолько развились, что понадобилось увеличить число водолазов и образовать специальную подъемную группу».
Прошли весна, лето и осень 1924 года. Но «Принц» так и не был найден.