Возглавляет Министерство Министр юстиции, который входит в состав Правительства. Его заменяют первый заместитель и заместители Министра. Первый заместитель курирует работу Департамента организации и контроля, Департамента по делам некоммерческих организаций, а также Департамента государственной службы и кадров. Основные задачи первого Департамента состоят в организации управленческой деятельности Министерства, координации, и осуществления контроля деятельности территориальных органов, а также обеспечение режима секретности. Второй Департамент осуществляет такие функции как регистрация некоммерческих организаций, контроль за их деятельностью, а также объединений, политических партий, и религиозных организаций их уставным целям. Последний же, – решает задачи обеспечения прохождения федеральной государственной гражданской службы в Министерстве, организации и осуществление кадрового обеспечения, а также проведение проверок в отношении служащих структурных подразделений Министерства.
Правовой основой деятельности Департаментов Министерства юстиции являются одноименные с ними положения, которые утверждаются Приказом Министерства страны. Например, правовой статус Департамента по делам некоммерческих организаций определен соответствующим Положением.10
Следуя структуре, можно кратко обозначить основные функции Департаментов, которые также вытекают из их названий. Так Департамент экономического законодательства реализует обеспечение гармонизации законодательства страны с актами Евразийского экономического сообщества, Таможенного союза и Единого экономического пространства. Департамент конституционного законодательства обеспечивает функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере территориального устройства страны. Департамент регистрации ведомственных нормативных актов реализует обеспечение единства правового пространства страны, и соблюдение законности при принятии нормативных актов. Департамент по вопросам правовой помощи и взаимодействия с судебной системой обеспечивает реализацию государственной политики, правовое регулирование и контроль в сферах адвокатуры, нотариата, ЗАГС, оказания юридической помощи, судебно-экспертной деятельности. Департамент развития законодательства, осуществляет мониторинг применения права, обобщения, анализа, изучения и экспертной оценки информации о состоянии законодательства и правоприменительной практики, выработки предложений по совершенствованию законодательства страны, участие в пределах своих полномочий в разработке общей стратегии государственной политики в сфере деятельности Министерства.