В связи с возросшими задачами по освоению Приморского и Приамурского края, деятельностью Амурской экспедиции Г.И. Невельского, инициативами генерал-губернатора Восточной Сибири Н.Н. Муравьёва решено было укрепить Охотскую флотилию. После начавшейся Крымской войны резко возросла роль устья Амура, куда могли доставляться войска, снаряжение, боеприпасы, необходимые для укрепления обороноспособности всего российского Дальнего Востока. Начало решению этой военно-стратегической задачи положил первый сплав по Амуру огромного каравана судов, барж, плашкоутов, плотов, организованный в 1854 г. генерал-губернатором Восточной Сибири Н.Н. Муравьёвым, который и являлся начальником сплава. Командовать флотилией был назначен капитан 2-го ранга П.В. Казакевич>[17], чиновник для особых поручений при генерал-губернаторе, один из самых верных и деятельных сподвижников Г.И. Невельского, бывший у него старшим офицером ещё во время кругосветного плавания транспорта «Байкал». После успешного завершения сплава 25 августа 1854 года «за отличия по службе» П.В. Казакевич был произведён в капитаны 1-го ранга.
В таком состоянии находились военно-морские силы России на Дальнем Востоке к началу Крымской войны. Фрегат «Аврора» и транспорт «Двина» приняли активное участие в Петропавловской обороне в августе-сентябре 1854 г. Несмотря на успешное для России завершение этого боя, было очевидно, что следующий, более мощный штурм Петропавловск не выдержит, поэтому в апреле-мае 1855 г. главный военный порт, а также всё население города были эвакуированы оттуда в Николаевский пост. Перебазирование осуществляли транспорты «Байкал», «Иртыш», боты № 1 и «Кадьяк», то есть все наличные силы Охотской флотилии на тот момент. К ним присоединились корабли Балтийского флота – фрегат «Аврора», корвет «Оливуца», транспорт «Двина». Винтовая шхуна «Восток» использовалась для посыльных целей. Были и потери. Фрегат «Диана» погиб у японских берегов в 1855 г. в результате цунами. Фрегат «Паллада» из-за невозможности эвакуировать в устье Амура и по ветхости затопили в Императорской Гавани. Шхуну Охотской флотилии «Анадырь» уничтожила англо-французская эскадра. Остальные балтийские и сибирские корабли 16-24 мая 1855 г. буквально под носом у блокирующего их англо-французского отряда прошли из залива Де-Кастри Татарским проливом (о существовании которого не знал противник) в устье Амура.