Дерптский университет, куда отправился Н. И. Пирогов, внес немалый вклад в развитие различных ветвей российской науки. Второй, после Московского, этот российский университет был открыт в Дерпте в 1802 г. Преподавание там велось на немецком языке. Но фактически история его должна начинаться с более раннего времени. Так, еще в 1630 г., через 5 лет после занятия Лифляндии шведами, в Дерпте была основана гимназия, которая в 1632 г. была преобразована в университет. Последующие военно-политические события надолго прервали деятельность университета.
Новая эра в истории университета связана с именем императора Павла I. В 1798 г., т. е. в год, с которого берет свое начало Санкт-Петербургская медико-хирургическая академия, он издал указ, по которому запрещалось отправлять молодых людей для занятия наукой в Европу, где в то время бушевали революции. Для того чтобы остзейское юношество не было лишено высшего образования, было предложено открыть университет в Митаве. После смерти Павла I новый император Александр I повелел основать университет на прежнем месте, в Дерпте, – маленьком провинциальном городке, ныне носящем имя Тарту [34]. Первый ректор университета, профессор физики Г. Ф. Паррот, ставший впоследствии академиком Петербургской академии наук, смог добиться больших привилегий для университета с момента его образования. По высочайше утвержденному уставу университету предоставлялась полная автономия. Он имел собственную цензуру для своих сочинений и пользовался правом бесконтрольного выписывания из-за границы необходимых книг, что не имело прецедента в тогдашней России. Этому способствовали очень тесные и дружеские отношения Паррота с императором Александром I, а затем и Николаем I. В 20-х гг. XIX века Дерптский университет считался в Российской империи выдающимся по составу преподавателей, тогда как другие русские университеты, как пишет Н. И. Пирогов в своем «Дневнике старого врача» [35], падали со дня на день все ниже и ниже благодаря обскурантизму и отсталости разных попечителей.