Император Николай I решил наказать не только студента, но и саму академию. Высочайшим указом Правительствующему Сенату 27 ноября 1838 г. Санкт-Петербургская Императорская медико-хирургическая академия была подчинена военному министерству, по департаменту военных поселений [7].
Переход академии из Министерства внутренних дел в военное в указе был дипломатично объяснен тем, что учреждение это, собственно, предназначено для снабжения медицинскими чинами армии и флота. Ближайшее начальство над академией, с подчинением ее военному министерству по департаменту военных поселений, было вверено директору департамента генерал-лейтенанту и генерал-адъютанту графу П. А. Клейнмихелю, сподвижнику графа А. А. Аракчеева.
Карательная мера, примененная к Медико-хирургической академии, оказалась, что бывает редко, благодетельной. Клейнмихель в основу задуманного им преобразования положил одну весьма здравую мысль. Он решил заместить все вакантные должности и вновь открывающиеся кафедры новыми для академии людьми – профессорами, получившими образование в университетах. «Подсказал ли кто Клейнмихелю эту мысль, или она сама, как Минерва из головы Юпитера, вышла в полном вооружении из головы могущественного визиря – это осталось мне неизвестным. Только в скором времени в Конференцию вместо одного профессора, получившего университетское образование, явились целых восемь, и это я считаю важной заслугой Клейнмихеля. Без него академия и до сих пор, может быть, считала бы вредным для себя доступ чужаков в состав Конференции», – пишет Пирогов в своем «Дневнике старого врача» [8].
Не только Клейнмихель, опекавший по служебному положению академию, но и военный министр князь А. И. Чернышев способствовали тому, что академия смогла получить в свою среду многих известных профессоров из русских университетов. Неудивительно, что, как пишет Ю. Г. Малис, «профессора-аборигены» встретили «профессоров-варягов» далеко не с распростертыми объятиями.
На вновь открытые кафедры были приглашены профессора из российских университетов. Первыми среди них были К. К. Зейдлиц, К. М. Бэр, П. А. Дубовицкий и Н. И. Пирогов. Все они своей деятельностью оставили яркий след в академии.