Параллельно с изучением быта сибирских народов, занимавших историка в первой половине его жизни – до середины 1860-х гг. – Шашкова начали волновать вопросы социального неравенства. Так, в 1861 г., всего через год после начала учебы, его исключили из Казанской духовной семинарии за участие в панихиде по убитым крестьянам с. Бездна. После исключения Серафим Шашков переехал в Санкт-Петербург для учебы в университете, где участвовал в собраниях «сибирского кружка», во главе которого стояли Н. М. Ядринцев и Г. Н. Потанин, опубликовал ряд работ по этнографии Сибири в различных изданиях, однако позднее оставил учебу из-за тяжелого материального положения.
В 1864 г. Шашков по предложению Н. М. Ядринцева и Г. Н. Потанина прочел в Томске пять публичных лекций по истории Сибири, пронизанных ненавистью к колонизаторской политике царизма. Сибирь рассматривалась лектором как колонизируемая окраина России с преобладанием в экономике региона крепостнических порядков. Лекции вызвали эффект разорвавшейся бомбы – в одном из полицейских донесений о лекторской деятельности историка сообщалось: «В числе слушателей много нашлось лиц, в особенности из низшего класса, одушевленных речью Шашкова, которые восторг свой и выразили ему сильными аплодисментами… Нельзя не пожалеть, что ему позволили заявить публике такие вредные тенденции».
Неудивительно, что через год, в 1865 г., Серафима Шашкова привлекли по делу о «сибирском сепаратизме» и приговорили к ссылке на север, в г. Шенкурск Архангельской губернии. Именно там историк отходит от областнических идей и обращается к историко-социологическому анализу давно волновавших его социальных проблем, что нашло отражение в работах данного периода – «Русские реакции», «Движение русской общественной мысли в начале XIX века», «Главные эпохи в истории русской женщины» и мн. др.
Особый интерес Шашкова занимает «женский вопрос», исследованный в труде «Исторические судьбы женщины, детоубийство и проституция» (1871). Первое издание этой книги (как и многочисленные публикации в «Отечественных записках», журнале «Дело» и мн. др.) вышло в свет в то время, когда эмансипация женщин была одной из самых животрепещущих и широко обсуждаемых в России. Шашков пытается проследить положение женщины (в различные исторические эпохи) и процесс эмансипации к его истокам – временам становления государственности. Положение женщины и семьи автор анализирует в связи с формами собственности, религией, культурой, главенствовавшими в тот или иной исторический период – первобытное время, античность, Средние века, Ренессанс и т. д.