После выхода в отставку в 1983 году – старший научный сотрудник редакции Военной энциклопедии Института военной истории. Почетный профессор Академии военных наук. Почетный профессор Европейского университета. Член Военно-философского общества национальной ассоциации объединения офицеров запаса Вооруженных сил «Мегапир», научный консультант Музея Российской армии. Автор многих книг, военный консультант тринадцатисерийного телефильма «Стратегия победы».
С 2010 года входит в попечительский совет некоммерческого фонда «Доверие». Возглавляет секцию военно-патриотического воспитания в Московском городском обществе историков-архивистов. Большое внимание уделяет работе с молодежью, регулярно участвует в научных конференциях, в мероприятиях военно-патриотической направленности;
генерал армии Ф.Д. Бобков, участник Великой Отечественной войны, первый заместитель председателя КГБ СССР (1985–1991), консультант дирекции Института социально-политических исследований РАН, регулярно выступает со статьями и интервью в российской печати, в периодических изданиях Франции, Испании, Болгарии, Южной Кореи, Германии, США, Японии, Венгрии. В соавторстве с Е.Ф. Ивановым, А.Л. Свечниковым, С.П. Чаплинским выпустил в свет книгу «Глобальный капитализм (размышления на тему)», затем год спустя с теми же соавторами выпустил книгу «Современный глобальный капитализм». Советник генерального директора РИА «Новости», вице-президент Академии проблем безопасности, обороны и правопорядка, член президиума Российской академии социальных наук. Автор мемуарных книг «КГБ и власть», «Последние двадцать лет», «Агенты. Опыт борьбы в “Смерше” и “Пятке”» и др.
10 февраля 2017 года исполнилось сто лет легендарному разведчику, полковнику А.Н. Ботяну.
Уйдя в отставку в 1983 году, он продолжал активно работать в органах КГБ СССР в качестве гражданского специалиста вплоть до 1989 года. О нем журнал «ФСБ. За и против» (2017, № 1) писал: «В феврале патриарх отдела спецназа взял еще одну вершину – ему исполнилось сто лет. Он по-прежнему интересный рассказчик и прекрасный шахматист. Любит прогулки у дома и уже зимой планирует свою летнюю ежегодную поездку на родину – Белоруссию». В 2007 году ему присвоено указом президента РФ звание Героя Российской Федерации «за мужество и героизм, проявленные в ходе операции по освобождению польского города Кракова и предотвращению уничтожения его немецко-фашистскими захватчиками в период Великой Отечественной войны 1941–1945 годов».