Разум после Фомы Аквинского все прочнее переплетается с духовными нитями основного вероучения европейцев и даже начинает в этом союзе доминировать. Революция от «разума», начатая в «осевое время», побеждает духовную революцию от Христа, происшедшую с его приходом в наш мир.
Однако такого рода победы не устраивают основную массу верующих. Поэтому в последние столетия Средневековья происходят крупнейшие в мировой истории духовные протестные движения, выступающие против господства в жизни и религии идеологии рационализма, следовательно, против побед внешнего над внутренним, рационального и материального над духовным. Одновременно это были протесты и против действий католической церкви со стороны тех, кто считал себя истинно верующим («чистым») и искал путь к овладению божественной истиной не в логических построениях мысли и рассудочном анализе действительности, а в активности души, в интуитивно-чувственном погружении в Бога.
Показательны в этом отношении действия манихеев, имевших в средние века множество сторонников почти во всех странах мира – от Европы и Северной Африки до Китая. Духовное движение манихеев (в ряде стран их называли катарами или альбигойцами) возникло на Ближнем Востоке в III веке и просуществовало до XIV века. Его особая популярность пришлась на начало второго тысячелетия. Манихеи боролись за чистоту жизни, духовное совершенство, преодоление плотских желаний и страстей. И поэтому отвергали как нечто греховное, даже дьявольское, и государство, и церковь с их установлениями, запретами. Они осуждали эксплуатацию, войны, все повинности и поборы, социальное и экономическое неравенство, частную собственность. Так как католическая церковь все это поддерживала, они объявили ее дьявольской силой. Поэтому и церковь, в свою очередь, вела непримиримую, жестокую борьбу с манихеями. Отчасти с этой борьбой была связана активизация священной инквизиции в тот период (117).
Подобные стихийные выступления, растянувшиеся на многие годы, были и в России. Русские православные раскольники (староверы) также считали окружающий мир царством торжествующего зла и скверны, а официальную церковь во главе с патриархом Никоном проповедником земного зла. И готовы были в своем несогласии с церковью и властью бежать от мира в лесные пустыни, идти на плаху и даже сжигать себя на кострах. Вплоть до конца XIX века сохранялись в России мощные сектантские течения – фармазонов, монтанов и др., – утверждавшие, что в человеке только душа от Бога, а все плотское и приобретенное психикой в земной жизни (личностное) от дьявола. Чтобы освободить душу, исходящее от плоти и навязанное внешним миром требовалось ненавидеть и разрушать.