Важнейший переломный момент – зима в Тарусе, на даче у семьи переводчиков Н. Оттена, Е. и В. Голышевых, в 1967–1968 годы. Это время завершения «романа», время интенсивного самообразования; это и время мистического опыта, сыгравшего определяющую роль для всей последующей жизни.
В Москве рождается новая семья Шифферса. Жена, Лариса Михайловна Данилина, становится на все оставшиеся годы самым близким человеком, доверенным лицом и помощником. В это время Шифферс активно общается с широким кругом гуманитарной интеллигенции. В составе его дружеского окружения художники Э. Неизвестный, Э. Штейнберг, И. Кабаков, В. Янкилевский, М. Шварцман, писатели В. Максимов и Ю. Карякин, философы А. Пятигорский, Д. Зильберман, О. Генисаретский, индолог Б. Огибенин и многие другие.
В 1970 году рождается вторая дочь, Мария, которой посвящено и к которой обращено многое из написанного в последующие годы.
В конце 60-х и в 70-е годы написан целый ряд произведений богословского и религиозно-философского содержания – «Обрезанное сердце», «Инок», «Богооставленность», «Параграфы к философии ученичества», «Белый отрок» и др. Философскому и религиозному обоснованию художественного творчества посвящены эссе о друзьях-художниках, сборник «Памятник».
Театральные, историософские и педагогические идеи Шифферса оформляются в виде проекта Мемориального Театра Достоевского, или «Театра Мертвого Дома».
В начале 1980-х годов Е.Л. Шифферс резко сокращает общение, ограничивает его семьей и кругом ближайших друзей.
В 1980-е годы в центре внимания оказывается историософии Россия, темы русской святости (в первую очередь, св. Серафим Саровский) и русской гениальности (Пушкин, Достоевский, К.Леонтьев). В этот период написаны пьесы «Русское море», сборник «О наречении патриарха» и др.
С конца 1970-х и до конца жизни важнейшим способом творческой реализации для Шифферса становится найденная им форма «преодоления Гуттенберга» – рукописные тетради.
В последнее десятилетие жизни Шифферса главной темой его размышлений стали жизнь и гибель семьи Николая II. В 1991 году он снял фильм «Путь царей» – мистическое расследование убийства в Екатеринбурге.
Позднее результаты работы над этой темой оформляются в виде особого рода сборников, «папок» – «Свастика святой Аликс», «Самадхи», «Анафема. Убийство. Имущество».