.
Административно-экономические суды призваны осуществлять правосудие по первой инстанции при разрешении административных и экономических споров. Они функционируют в рамках определенных административно-территориальных образований по региональному делению.
Судебное разбирательство в отношении совершивших преступления военнослужащих проводится в военных судах. Юрисдикция этих судов распространяется на воинские части, расположенные в военных гарнизонах вооруженных сил. Специальные военные суды рассматривают в первой инстанции уголовные дела, связанные с воинскими преступлениями и преступлениями, совершенными военнослужащими Вооруженных Сил АР. В составе Военного суда АР также может быть создан суд присяжных.
Суды по делам о тяжких преступлениях являются новыми органами со специальной юрисдикцией и предназначены обеспечить наиболее квалифицированное рассмотрение в первой инстанции тяжких и особо тяжких преступлений. Суд по тяжким преступлениям решает в установленном законодательством АР порядке вопрос о выдаче (экстрадиции) лиц, совершивших преступление, анализирует судебную статистику, изучает и обобщает состояние организации Судебной деятельности, судебную практику, осуществляет иные полномочия. Судебная компетенция этих судов распространяется в соответствии с административно-территориальной юрисдикцией (за исключением Нахичеванской АР). В соответствии с УПК АР[30], в составе судов по тяжким преступлениям предусмотрено создание присяжных.
По закону «О судах и судьях» впервые предусмотрено создание Экономического Суда АР по спорам, вытекающим из международных договоров, который рассматривает в пределах полномочий, определенных законом, дела по экономическим спорам в качестве суда первой инстанции.
Верховный Суд Нахичеванской Автономной Республики, являясь высшей судебной инстанцией автономии, осуществляет правосудие и надзор над общими судами и рассматривает дела в первой и апелляционной инстанциях. ВС Нахичеванской АР состоит из Президиума, из гражданской коллегии, административно-экономической коллегии, уголовной коллегии и военной коллегии. Для рассмотрения дел в коллегиях ВС Нахичеванской АР создаются судебные составы. В состав судей ВС Нахичеванской АР входят председатель суда, его заместитель, председатели и судьи судебных коллегий. Численность судей ВС Нахичеванской АР определяется Судебно-правовым советом.