В то же время транспорт «Малайя», имевший серьезную неисправность в машине и загруженный бракованными боеприпасами, вышедшими из строя или исчерпавшими свой ресурс деталями механизмов, почтой, а также паникерами, смутьянами и больными, был отправлен на родину, от греха подальше. На этом же транспорте отправили арестованного за кражу казенных денег и мошенничество при снабжении экипажа провизией бывшего ревизора с броненосца «Орел» лейтенанта Бурнашева.
Незадолго до выхода с рейда Нуси-Бе Рожественский специальным приказом утвердил подразделение эскадры на два броненосных отряда и два крейсерских. Каждый отряд имел свою задачу в бою.
Первый броненосный отряд состоял из всех новейших броненосцев, вооруженных современной артиллерией и имевших примерно одинаковую скорость полного хода. Броненосцы типа «Бородино» («Суворов» – флагман, «Александр III», «Орел», «Бородино» и пристегнутый к ним, из тактических соображений, «Ослябя») составили первый броненосный отряд, волею судьбы назначенный быть «летучим крылом эскадры», как выразился командующий. Благодаря своей высокой скорости хода, первый броненосный отряд мог быстрее всех других занять удобную позицию и связать противника боем. Командовать этим отрядом был назначен командир «Суворова» капитан первого ранга Игнациус.
Второй броненосный отряд был составлен из устаревших броненосцев «Сисой Великий» и «Наварин» с броненосными крейсерами «Адмирал Нахимов» и «Дмитрий Донской». Все эти корабли имели совершенно разношерстную артиллерию и скорость хода на 3–4 узла меньше, чем первый отряд, но вполне серьезную броневую защиту, благодаря чему обладали солидной боевой устойчивостью. Командовал вторым отрядом Фелькерзам, державший свой флаг на «Сисое». Их основной задачей в бою считалось сковывание главных сил противника, для обеспечения охвата первым отрядом головы, хвоста или любого из флангов строя противника, смотря по обстановке. Исходя из теоретических выкладок, это позволяло поставить противника под продольно-перекрестный огонь и нанести, хотя бы части его кораблей, тяжелые повреждения за короткий отрезок времени.
Для разведки и охраны главных сил были сформированы два крейсерских отряда. Первый отряд состоял из «Авроры», «Жемчуга» и «Светланы» с приданными им четырьмя миноносцами. Командовать первым крейсерским отрядом был назначен капитан первого ранга О. А. Энквист. Флагманским крейсером назначалась «Светлана».