Потеря Порт-Артура и значительной части морских сил Тихого океана, цусимская катастрофа, которая постигла эскадру, пришедшую с Балтики, и оставила тем самым столицу Империи едва ли не беззащитной от нападения с моря, – были, разумеется, тяжелейшим ударом для офицеров флота. Горечь усугублялась буйством «общественности», которая, пользуясь дарованными Высочайшим манифестом 17 октября 1905 года свободами, не упускала случая побольнее уязвить морское ведомство, не различая правого и виноватого, да по вопиющей своей некомпетентности и не умея этого делать. В то же время налицо были и бесспорные просчеты в управлении флотом, о которых Колчак писал в 1912 году: «Если высказанный афоризм, что “военная сила, проигравшая войну, проиграла ее до начала военных действий”, и может возбудить некоторое сомнение в смысле общего значения, то справедливость применения его к минувшей войне не составляет вопроса.
Война была проиграна прежде всего потому, что о ней никто не думал и никто не готовился».
Осознание подлинных ошибок и борьба с ними, так же как и с обвинениями в ошибках мнимых, горячее желание восстановить репутацию русского флота и России как морской державы, стремление не просто «возродить» погибший с честью флот, но возродить его на современном уровне, – такие чувства владели тогда многими морскими офицерами, и, очевидно, именно они не давали Колчаку замкнуться в тиши «кабинетной научной работы». «Чувство горькой обиды и желание работать для возрождения флота ярко пробудилось в личном составе, – вспоминает настроения офицерства адмирал Смирнов. – В различных портах образовались кружки морских офицеров, поставивших себе задачей разрабатывать военно-морские вопросы в связи с реформами морского дела и воссозданием флота. Это движение встретило покровительство высшего морского начальства, и уставы кружков были утверждены. Морские офицеры были воспитаны в традициях преданности и верности Престолу и Отечеству, и они отнюдь не занимались вопросами внутренней политики, а разрабатывали исключительно вопросы стратегии, тактики, организации и техники». Из участников «частного, но полуофициального, пользовавшегося содействием морского министерства» петербургского кружка Колчак называл в качестве «наиболее видных» В.К.Пилкина, М.М.Римского-Корсакова 3-го (председателя кружка, чьим помощником был сам Александр Васильевич) и А.Н.Щеглова, с именем которого неразрывно связано создание в России Морского Генерального Штаба.