Налоговые органы будут продолжать собирать налоговые платежи, в частности налог на доходы физических лиц, объект налогообложения которым частично совпадает с объектом обложения взносами. Налог на доходы физических лиц организации исчисляют и уплачивают за своих работников в качестве налоговых агентов, а индивидуальные предприниматели, нотариусы и адвокаты сами за себя. При выплате вознаграждения своим работникам организация может посчитать указанную выплату льготой и не начислить на нее ни налогов, ни взносов.
Если проверяющие органы ФНС и Пенсионного фонда сойдутся во мнении по поводу учета данной выплаты, то правоприменительных проблем не возникнет, а если не сойдутся, то может сложиться неприятный прецедент, противоречащий принципу единства экономического пространства и общим принципам налогообложения и сборов, провозглашенным в Конституции Российской Федерации.
Кроме того, у налогоплательщиков уменьшается возможность учесть переплату по налогам в счет уплаты страховых взносов. Еще при существовании ЕСН и администрировании его налоговыми органами те отказывались производить зачет взносов на обязательное пенсионное страхование, перечисленных в Пенсионный фонд с неправильными КБК. В связи с чем Федеральным законом от 23 декабря 2004 г. № 174-ФЗ были внесены изменения в Федеральный закон от 15 августа 1996 г. № 115-ФЗ «О бюджетной классификации Российской Федерации», в соответствии с которыми с 1 января 2005 г. ФНС стала осуществлять возврат и зачет страховых взносов на обязательное пенсионное страхование. Однако налоговые органы продолжали отказывать в зачете, в связи с чем Президиум ВАС РФ в своих постановлениях от 5 сентября 2006 г. № 2776/06[8] и № 4240/06[9] признавал такие действия незаконными.
Поскольку ситуация кардинальным образом изменилась и администраторами страховых взносов признаны другие органы, это еще больше ограничит организации и индивидуальных предпринимателей в возможности осуществлять перезачет одних своих обязательных платежей в счет других.
Применительно к своим налоговым платежам налогоплательщики долго отвоевывали свое право на зачет одних налогов в счет других, уплаченных в тот же бюджет. В 2006 г. Федеральным законом от 27 июля 2006 г. № 137-ФЗ[10] ст. 78, регулирующая зачет и возврат налогов, была изложена в новой редакции. При этом было предусмотрено, что переплату можно зачесть в счет недоимки по другим налогам, уплачиваемых в тот же бюджет. До этого переплата по налогу шла в зачет недоимки только по этому налогу, что подтверждалось судебной практикой