От имени Российской Федерации полномочия акционера осуществляются Правительством Российской Федерации. Федеральным законом «Об особенностях управления и распоряжения имуществом железнодорожного транспорта» установлен запрет на продажу и иные способы отчуждения акций ОАО «РЖД», а также ограничение хозяйственного оборота имущества инфраструктуры железнодорожного транспорта.
Все права и обязанности (в отношении их кредиторов и должников) организаций и предприятий, имущество которых было внесено в уставный капитал ОАО «РЖД», были переданы компании на основе сводного передаточного акта. В составе общества образованы 17 территориальных филиалов – железных дорог, функциональные филиалы (заводы, проектно-конструкторские, строительные подразделения и т. д.) и представительства общества за рубежом: всего 166 обособленных структурных подразделений.
В связи с созданием ОАО «РЖД» планируется развитие конкурентного сектора в сфере железнодорожных перевозок, в том числе разделение компаний-перевозчиков и владельцев инфраструктуры железных дорог, соответственно, создание грузовых компаний-операторов, владеющих собственным подвижным составом. Стратегия управления и развития компании построена таким образом, чтобы общество и государство в результате реформы получили: удовлетворение растущих требований экономики и общества в перевозках; повышение эффективности железнодорожного транспорта; снижение транспортной нагрузки на экономику.
В течение первого этапа реформирования железнодорожного транспорта была проведена реструктуризация кредиторской задолженности предприятий и организаций железнодорожного транспорта, а также инвентаризация земли и имущества предприятий железнодорожного транспорта; приняты Федеральные законы «О железнодорожном транспорте в Российской Федерации», «Устав железнодорожного транспорта Российской Федерации», «О внесении изменений и дополнений в Федеральный закон «О естественных монополиях», «Об особенностях управления и распоряжения имуществом железнодорожного транспорта», внесены изменения в Налоговый кодекс Российской Федерации и другие нормативные акты Правительства Российской Федерации вытекающих из федеральных законов и обеспечивающих дальнейшую реализацию Программы структурной реформы. Кроме того, были разработаны «Правила недискриминационного доступа перевозчиков к инфраструктуре железнодорожного транспорта общего пользования», «Правила оказания услуг по использованию инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования» и введен в действие новый Прейскурант № 10–01 «Тарифы на перевозки грузов и услуги инфраструктуры, выполняемые российскими железными дорогами».