Компенсация выпадающих в результате отмены ряда налогов бюджетных доходов предполагалась также за счет сокращения налоговых льгот. Налоговые льготы нарушают принцип справедливости налоговой системы по отношению к участникам экономической деятельности, не пользующимся налоговыми привилегиями, поскольку льготный режим для одних налогоплательщиков неизбежно означает дополнительное налоговое бремя для других. Кроме того, налоговые льготы, как правило, недостаточно эффективны и зачастую не достигают тех целей, ради которых они вводились, являясь при этом питательной средой для всевозможных злоупотреблений. Не отрицая налоговые льготы в целом, их число Правительство предлагало резко сократить, оставив лишь самые необходимые.
В проекте обшей части налогового кодекса в целях создания справедливой и эффективной налоговой системы много внимания было отведено вопросам создания единого налогового правового порядка, обеспечения законности для всех участников налоговых отношений. Налоговый кодекс, говорилось в проекте, призван обеспечить создание самостоятельной отрасли законодательства – налогового права, «имеющей свой собственный предмет, принципы, методы и способы регулирования отношений, связанных с уплатой налогов и сборов», устранить правовой хаос и пробелы в действующем налоговом законодательстве.
В проекте предусматривалась уплата только законно установленных налогов и сборов и вводилась норма, в соответствии с которой ни на кого не может быть возложена обязанность уплачивать налоги или сборы, не предусмотренные налоговым кодексом.
Устанавливалась также обязательность применения при налогообложении официально опубликованных актов налогового законодательства, действующих на день возникновения (наличия) обстоятельств, связанных с исполнением налогового обязательства. Актам налогового законодательства запрещалось придавать обратную силу. Право толкования норм и положений акта налогового законодательства было отнесено к компетенции органа, принявшего этот акт, или другого органа, получившего на это специальные полномочия. Устанавливался приоритет норм налогового законодательства при регулировании налоговых отношений, а также гарантировалась судебная защита налогоплательщика в случае введения нормативного акта, нарушающего принципы налогового законодательства.