Предусматривалось положение о том, что если налогоплательщик заявил в налоговый орган о занижении уплаченной им суммы налога, внес необходимые изменения в налоговую декларацию и уплатил недостающую сумму налога и пени до момента, когда он узнал о выездной налоговой проверке, то подача первоначальной налоговой декларации не может рассматриваться как попытка уклониться от налогообложения или совершить иное налоговое нарушение и не подлежит наказанию.
За несвоевременную уплату налогов предлагалось соотнести размер пеней со ставкой рефинансирования Банка России.
Особую актуальность в целях обеспечения создания эффективной налоговой системы приобретало введение системы налогового учета, основанной на возможности определения момента получения доходов (осуществления расходов) по «методу начислений» или «кассовому методу».
Важное место в проекте общей части Налогового кодекса было отведено порядку определения или признания при налогообложении рыночной цены (подробно описывались обстоятельства, учитываемые при этом) и доходов налогоплательщика.
Одним из наиболее сложных вопросов является учет налогоплательщиков в налоговых органах. Проект кодекса в целом был ориентирован на то, чтобы сделать постановку на учет экономически более выгодной для налогоплательщиков, чем ведение теневой деятельности.
Предлагался новый подход к определению налогового правонарушения и порядку привлечения виновного лица к ответственности. Налоговые нарушения квалифицируются в зависимости от содержания нарушения и ущерба, причиненного неуплатой налога. При этом была предусмотрена дифференциация норм ответственности налогоплательщика, совершившего противоправное деяние в зависимости от четко определенных составов налоговых нарушений, а также в зависимости от умысла или небрежности совершения противоправного деяния.
Меры пресечения нарушений дифференцировались в зависимости от условий их совершения. Был предложен порядок, допускающий установление конкретных санкций с учетом смягчающих или отягчающих обстоятельств.
Предусматривалась процедура производства и рассмотрения дела о налоговом нарушении, а также процедура обжалования действия или бездействия налоговых органов или их должностных лиц.
В соответствии с предложением Президента Российской Федерации в проекте были уточнены положения в части предоставления федеральным органам налоговой полиции права осуществлять производство дознания и предварительного следствия по налоговым преступлениям в пределах предоставленной им компетенции и в соответствии с нормами уголовно-процессуального законодательства.