Пересматривались подходы к налогообложению доходов граждан и налогообложению фонда оплаты труда у предприятий. Вместо пяти ставок действующего подоходного налога предлагалось установить только две – 12 и 30 %. Одновременно предполагалось снизить отчисления в государственные внебюджетные фонды, выплачиваемые работодателями. Предполагалось также отменить все региональные и местные налоги, которые уплачивались с фонда оплаты труда. Количество этих налогов было огромным и провоцировало предприятия пользоваться всевозможными обходными схемами, вместо того чтобы честно платить заработную плату.
Предвидя дискуссию о социальной направленности перехода от пятиступенчатой к двухступенчатой шкале подоходного налога, Правительство РФ предложило три средства борьбы с этой «социальной несправедливостью»: ввести налог с продаж, установить акцизы на дорогие автомобили и ввести налог на недвижимость с пакетом компенсационных мер для малообеспеченных граждан. В рамках введения налога на недвижимость предполагалось отказаться от налога на имущество и вывести из-под налогообложения основные средства и товарные запасы, что не могло не приветствоваться крупным бизнесом.
Депутаты, впрочем, довольно сдержанно отнеслись к перспективе, очерченной правительственным проектом. Причем те положения проекта, где правительство видело достоинство кодекса, многими депутатами как раз трактовались как его недостатки. Например, докладчик С.Д. Шаталов утверждал, что «права налогоплательщиков существенно расширяются». Выступавший же следом за ним Г.В. Боос (фракция «Наш дом – Россия») говорил прямо противоположное: «Весь налоговый кодекс пронизан на самом деле презумпцией виновности или, если хотите, налоговой недобропорядочности налогоплательщика. Его права значительно ущемлены, а права налогового органа значительно расширены». Столь же противоположны были мнения о снижении (увеличении) налоговой нагрузки на экономику и по многим другим вопросам. В целом же суть претензий депутатов к правительственному варианту кодекса свелась к следующему:
– кодекс написан сложным для понимания языком, который к тому же не применяется в других областях законодательства;
– ряд норм кодекса входит в конфликт с Гражданским и Таможенным кодексами, а также Гражданским процессуальным кодексом;