Среднее звено службы представляют экспертно-криминалистические центры республиканских, краевых, областных, Москвы и Санкт-Петербурга, а также транспортных органов внутренних дел. На этом уровне в подразделениях проводятся все виды судебных экспертиз по принятому в органах внутренних дел профилю, а также все виды экспертно-криминалистической деятельности.
Ряд ЭКП этого звена – базовых – выполняют функции межрегиональных экспертных подразделений. Они проводят экспертизы по естественно-научным и инженерно-техническим направлениям как для своего региона, где они дислоцированы, так и для «куста» обслуживаемых регионов.
В подразделениях среднего звена ведутся региональные учеты следов и других вещественных доказательств, изъятых с мест нераскрытых преступлений, а также созданы информационно-справочные коллекции объектов, обычно выступающих в качестве вещественных доказательств в данном регионе; ведется работа по осуществлению следственных действий с участием специалистов.
Экспертно-криминалистические подразделения среднего звена ведут организационно-методическую работу, первичную профессиональную подготовку сотрудников нижестоящих подразделений.
Первичное звено службы составляют экспертно-криминалистические подразделения (отделы, отделения, группы или лаборатории) органов внутренних дел в городах областного и районного значения, районов городов, а также на железнодорожном транспорте. В них проводятся в основном традиционные криминалистические экспертизы: дактилоскопические, трасологические, технического исследования документов и холодного оружия, реже почерковедческие.
Ряд ЭКП выполняют функции межрайонных и создаются либо для экспертно-криминалистического обеспечения деятельности органов, не имеющих в своем составе соответствующих подразделений, либо для выполнения отдельных видов экспертно-криминалистической деятельности (выезды на места происшествий, производство отдельных видов экспертиз) по поручению органов, возможности экспертно-криминалистических подразделений которых ограничены. Межрайонные подразделения организуются в составе существующих районных криминалистических подразделений, организационно подчиняются начальнику экспертно-криминалистического подразделения соответствующего субъекта Федерации.
Наряду с экспертной работой межрайонными подразделениями ведутся учеты следов и других вещественных доказательств, изымаемых с мест нераскрытых преступлений, осуществляется работа по применению технико-криминалистических средств и методов в борьбе с преступностью на территории (транспортной магистрали), закрепленной за ГРОВД, ОВДТ.