Система курса «прокурорский надзор» включает две части: общую и особенную, что обусловлено структурой Федерального закона «О прокуратуре РФ», выступающего в качестве основного объекта изучения рассматриваемой дисциплины. Общая часть включает вопросы, касающиеся рассмотрения прокурорского надзора с точки зрения государственной деятельности, отрасли права, истории развития прокуратуры, принципов организации прокуратуры, функций, задач прокуратуры, ее системы, и другие вопросы, касающиеся организации и деятельности прокуратуры. Особенная часть предполагает изучение основных направлений деятельности прокуратуры: надзор за исполнением законов, за соблюдением прав и свобод человека и гражданина, за исполнением законов органами, осуществляющими оперативно-розыскную деятельность, дознание и предварительное следствие, за исполнением законов администрациями органов и учреждений, исполняющих наказание и применяющих назначаемые судом меры принудительного характера, администрациями мест содержания задержанных и заключенных под стражу, за участием прокурора в рассмотрении дел судами.
Учебная дисциплина «прокурорский надзор» тесно связана с рядом других юридических дисциплин, затрагивающих те или иные вопросы, которые имеют определенное значение для прокурорского надзора. Так, в теории государства и права прокуратура рассматривается с точки зрения ее роли в обеспечении законности и правопорядка, а прокурорский надзор – в качестве одного из видов государственной деятельности. Конституционное право РФ предусматривает изучение конституционных норм, определяющих основные положения организации прокуратуры; порядок назначения Генерального прокурора РФ, прокуроров субъектов Федерации и иных прокуроров; место прокуратуры в системе других органов государства и взаимоотношения между ними. Определенную связь с дисциплиной «прокурорский надзор» имеет учебная дисциплина «правоохранительные органы», одна из тем которой посвящена прокуратуре, ее задачам, функциям, системе органов, вопросам организации. Курсы уголовного процесса, гражданского процесса, арбитражного процессуального права и административного права освещают полномочия прокурора соответственно в уголовном, гражданском, арбитражном судопроизводстве и производстве по делам об административных правонарушениях.