Составной частью реформы стало и преобразование прокурорского надзора. В Учреждениях судебных установлений прокурорскому надзору посвящен раздел третий, который назывался «О лицах прокурорского надзора». Согласно этому разделу Учреждений прокурорский надзор осуществляли обер-прокуроры, прокуроры и их товарищи под высшим наблюдением министра юстиции как генерал-прокурора. Прокуроры учреждались при всех судебных палатах и окружных судах. Обер-прокуроры состояли при кассационных департаментах и общем собрании Правительствующего сената.
Устав уголовного судопроизводства устанавливал, что прокуроры и их товарищи предварительных следствий сами не производят, но имеют право давать предложения судебным следователям и наблюдать за производством следствия.
Принадлежащее прокуратуре право наблюдения за производством предварительного следствия осуществлялось в двух формах:
путем проверки непосредственно письменного производства хода следствия и различных письменных актов, получаемых прокурором от судебного следователя: закон обязывал следователя доводить до прокурора или его товарища сведения обо всех важнейших действиях следствия, о начале его производства, применении мер пресечения и т. д. По окончании производства следствия дело доставлялось следователем прокурору для принятия по нему окончательного решения;
в форме личного присутствия прокурора при производстве следственных действий. Несмотря на действенность такой формы, как ознакомление с материалами дела, что давало прокурору возможность непосредственно и своевременно знакомиться с ними и непосредственно предлагать следователю производство каких-либо мероприятий, личное присутствие прокурора при производстве следственных действий было, скорее, исключением, чем правилом. Объяснялось это недостаточностью численного состава прокурорских работников и большой разбросанностью следственных участков; поэтому этот способ применялся лишь в крупных населенных пунктах.[8]
В Уставе гражданского судопроизводства 1864 г. предусматривалось, что прокурор дает заключение по делу. Такое заключение было обязательным по делам казенного управления, земских учреждений, городских и сельских обществ; по делам лиц, не достигших совершеннолетия, безвестно отсутствующих, глухонемых и умалишенных; по вопросам подсудности пререкания между судебными и административными органами об устранении судей; по спорам о подлоге документов и вообще в случаях, когда в гражданском деле обнаруживаются обстоятельства, подлежащие рассмотрению суда уголовного; по просьбам о выдаче свидетельства на право бедности (как основание для освобождения от судебных издержек); по делам брачным и о законности рождения. При этом по брачным делам роль ответчика, в случае его отсутствия, выполнял прокурор, обязанный собирать и представлять суду доказательства об опровержении иска и имеющий все права тяжущегося.