Русские бежали туда не для грабежа и разбоя. Яик был сравнительно далёк от царских бояр, воевод и духовенства. Этот край, исключительно щедро наделённый природой, мог дать измученному вековой эксплуатацией народу безбедное, вольное, независимое житьё.
К концу XVI – началу XVII веков казачьи поселения расположились по всему Яику, от прибрежных морских островов (Каменный, Пешной, Городище, Гогольские, Камынин и другие) до района современного города Соль-Илецка. Каждое из них насчитывало от 300 до 700 человек. В 1586 году казаки построили городок Кош-Яик (по-казахски Кос-Жайык). Ногайцы неоднократно осаждали этот первый русский городок, но взять им его не удалось.
Ряды яицкого казачества быстро росли, расширялась его территория. Московские цари предпринимали попытки привлечь казаков на свою сторону, чтобы использовать их против степных кочевников, и яицкие казаки были участниками всех войн, которые вело русское государство. В первое время они даже сами вызывались на службу.
Первая служба яицких казаков московскому правительству относится к 1591 году. С этого года официально признано существование Яицкого казачьего войска. Но в преданиях и песнях говорится, что они несли службу ещё в 1380 году, участвуя в войсках Дмитрия Донского в Куликовской битве, а в 1552 году вместе с войсками Ивана Грозного брали Казань. В 1632—1634 годах они защищали Смоленск от польской шляхты, а в 1695—1697 годах сражались под Азовом. За этот поход казаки получили десять боевых знамён.
С подчинением яицких казаков московским царям утрачиваются их самоуправление и самостоятельность. Московское правительство постепенно начинает ликвидировать автономию казачьего войска и осуществлять сначала военное, а потом и административное руководство жизнью казаков. Однако, не достигнув поставленной цели, правительство прибегло к помощи ярославских предпринимателей Гурьевых, намеревавшихся завести на Яике рыбные промыслы и развернуть широкую торговлю с Востоком.
Русское правительство решило в то же время воздвигнуть на Яике и на полуострове Мангышлак укрепления для охраны торговых караванов и посольств. С просьбой о постройке крепости на Мангышлаке в Москву неоднократно обращались и правители среднеазиатских государств. И вот в начале XVII века на Яик приезжают специалисты, изучают здешнюю местность. Однако в условиях продолжавшейся упорной борьбы на Западе казна не располагала достаточными средствами для осуществления строительства, и поэтому основной надеждой правительства остаются Гурьевы, услугами и капиталами которых предполагалось воспользоваться, предварительно заинтересовав их перспективой создания рыбопромысловых предприятий на Яике.