Через четыре года Паульсен защитил вторую диссертацию, по теории познания Канта. В ней он доказывал, что Кант учил не только о необходимых пределах нашего познания, но и о содержательности форм нашего познания. Например, познание живого отличается от познания неживого не тем лешь, что живое требует бережного этического отношения, но тем, что оно требует иного состояния духа и иного содержания как наших реакций, так и наших размышлений над этими реакциями.
После защиты диссертации он навсегда обосновался в Берлине, женившись на Эмилии Ферхель, приемной дочери известного политика Юстуса Грунера. У них родились две дочери и два сына, причем сын Рудольф пошел по стопам отца и стал профессором философии. Жена умерла при неудачных родах, и Фридрих женился на ее сестре, которая вела хозяйство в его доме.
Молодому профессору Паульсену было поручено читать лекции по педагогике. Паульсен подчеркивал, что научный эксперимент в педагогике существует не только в пределах лаборатории, но каждый, кто воспитывает детей, ставит важный эксперимент. Чтобы эксперименты были разумными, следует, чтобы они начинались из мира природы: скажем, семья, в которой есть играющий с клубком котик, быстрее научит ребенка правилам взрослой жизни, правилам этой серьезной социальной игры, чем семья, в которой нет такого веселого домашнего любимца. Или семья, в которой все члены учат стихи наизусть, добивается гораздо большего, чем та, в которой просто заставляют это делать детей в силу следования внешним правилам. Читая педагогические труда Паульсена, поражаешься, насколько он предвосхитил игровую теорию культуры Иохана Хёйзинги.
В 1894 г. Паульсен наконец получил собственную кафедру названную кафедрой философии и педагогики. Его слава уже гремела по всей Европе и даже в Новом Свете: его приглашали возглавить философские факультеты Гарвард и Иель. Своим учителем называли его столь разные мыслители как Эдмунд Гуссерль и Джордж Герберт Мид, Джордж Сантаяна и Альберт Швейцер. А «Система этики» Фридриха Паульсена стала еще при жизни философа одной из самых популярных философских книг в Японии.
Некоторые считают, что Паульсен повлиял даже на Мао Цзедуна, который заимствовал из вторых рук идею крестьянства как авангарда нового общества: бывший крестьянин Паульсен утверждал, что крестьяне обладают не только сильным чувством справедливости, но и особым чувством приязни друг к другу – им приятно быть друг с другом – и это чувство может лечь в основу новых социальных правил. Исходя из этой идеи приязни, Паульсен выступал за равные права в гимназиях и университетах древних и новых языков: настоящий студент должен уметь изложить свою мысль на разных языках, не считая, что только строгость латыни или, наоборот, мечтательность немецкого языка поддержит правильность его мысли.