На престол Московский был венчан старший сын Алексея Михайловича – Федор Алексеевич: пятнадцати лет от роду, весьма болезненный, если верить свидетельствам современников.
Царевичу Петру в это время было уже почти четыре года, но он продолжал сосать грудь кормилицы, ходил с трудом на маленьких ножках и говорил невнятно.
С воцарением Федора Алексеевича – по матери из рода Милославских, Наталья Кирилловна была выпровожена из Кремля в ближнее село Преображенское, где и проживала далее с сыном Петром и дочерями Натальей и Феодорой, которая умерла через два года, четырехлетней.
Болезненность царя Федора не помешала его женитьбе на дворянке Грушецкой из Смоленска, который долгое время находился под польским владычеством и был возвращен под Московскую власть царем Алексеем Михайловичем.
Болезненность детей мужского пола от царя Алексея и Марии Милославской вызывает большие сомнения в естественности, объясняемой скорбутом (цингой) ибо дети женского пола были вполне здоровы, а царский стол был изобилен овощами и фруктами, отсутствие которых и приводит к цинге. История не дает ответа на этот вопрос, но отравления свинцом, мышьяком или ртутью соперников в борьбе за престол широко практиковались в царских семействах Европы и Азии, а симптомы болезни при таких отравлениях весьма похожи на симптомы цинги.
Видимо, под влиянием жены, царь Федор ввел при дворе польские обычаи брить бороды и носить польское платье, запретив появляться в присутствие в охабнях. Часть стрелецкого войска он перевел на иноземный лад в полки, где были отменены назначения командиров по разрядным книгам, которые учитывают чины предков, но не учитывают личные качества воина. Взамен разрядных книг были введены родословные книги, подтверждающие происхождение.
В браке царя Федора с Грушецкой, на пятом году его царствования, родился сын, умерший на десятый день после рождения, а затем скончалась и мать ребенка. Через полгода Федор вновь женился на девице Апраксиной, но не успев завести детей, скончался спустя три месяца.
На пути к царскому престолу у царевича Петра оставался только младший брат, Иван, тоже, якобы, болезненный, но сам Петр к этому времени едва достиг десятилетнего возраста, не умел читать и писать и с трудом сохранял равновесие при ходьбе, поскольку вытянулся ростом с взрослого человека, но имел маленькие ноги, при несуразно длинном туловище, мешавшем равновесию, а потому он почти бежал при движении, резко меняя направления.