Состояние монастырей молодой строитель знал по опыту, а потому восстанавливал все постепенно, относясь к братии, по слову отца игумена Марка, «с отеческой строгостью и с материнской любовью»[44]. Административные способности он унаследовал от отца, а знания его как инженера помогали ему в созидании построек монастыря, пришедшего в полный упадок. Владыка Стефан, утешаясь деятельностью настоятеля, довольно скоро возвел иеромонаха Игнатия в сан игумена.
Находясь сравнительно недалеко от родного дома, игумен Игнатий имел возможность посещать Покровское и общаться со своей матерью, которая была серьезно больна. Она скончалась летом 1832 года, примирясь с сыном и обретши в нем непостыдное упование. Сын-иеромонах сам совершил ее отпевание.
Вместе с тем здоровье настоятеля не выдерживало сырого и болотистого климата монастыря со множеством испарений, почему верный друг Чихачев решил хлопотать о переводе игумена Игнатия в иные климатические условия. Поездка Чихачева в Петербург и беседа его с митрополитом Филаретом Московским уже приводила к тому, что игумену Игнатию давался в управление Николо-Угрешский монастырь под Москвой. Однако во всем необычная судьба избранника Божия – будущего епископа Игнатия – сложилась иначе: сам император вмешался в имеющее быть его назначение под Москву. Игумен Игнатий был срочно вызван в Петербург, где ему было предложено восстановление Троице-Сергиевой пустыни, расположенной неподалеку от Петербурга, в должности ее настоятеля. Игумен Игнатий принял распоряжение, признавая, как всегда и во всем, действие ведущего его судьбу Промысла Божия. Это была та обитель, которую в бытность свою студентом Инженерного училища он избегал посещать, поскольку она не имела тех духовных достоинств, которые он всегда искал.
1 января 1834 года игумен Игнатий был возведен в Казанском соборе Петербурга в сан архимандрита и здесь же принял настоятельство Сергиевой пустыни. Его ожидали неописуемые труды по восстановлению обители – внешнему и внутреннему. Самое местоположение монастыря было неудобным. Он стоял на перепутье людных дорог, ведущих из столицы в сторону Петергофа. Наконец, и климат обители, расположенной на берегу Финского залива, был сырым, насыщенным туманами. Строения монастыря находились в таком состоянии, что настоятель должен был поселиться в здании инвалидного дома, где и расположился в двух комнатах со своей братией, состоящей из восьми человек. Восстановление монастыря началось тут же по приезде отца Игнатия и продолжалось четыре года. Первым был возобновлен храм преподобного Сергия.