Несмотря на положительные результаты применения системы Тейлора, разработки Тейлора внедрялись фрагментарно и непоследовательно. Это позволило П. Дракеру заметить, что найдется немного людей, оказавших такое влияние на развитие науки, как Тейлор, равно как и тех, чьи идеи сталкивались бы с таким упрямым непониманием и усердным перевиранием. Он утверждает, что репутация Тейлора страдала именно из-за того, что тот применил знание к исследованию процесса труда: «для профсоюзных лидеров того времени это было сущим проклятием; кампания общественного презрения, поднятая ими против Тейлора, была одной из самых злобных в американской истории».
Во времена Тейлора профсоюзы представляли собой цеховые монополии, в которые принимали только родственников ранее принятых членов. Чтобы быть членом такого профсоюза, требовалось пройти профессиональное обучение в течение 5–7 лет, но никакой систематической подготовки или изучения трудовых методик при этом не предусматривалось. Члены профсоюза давали клятву хранить в тайне секреты мастерства и никогда не обсуждать свою работу ни с кем, кроме товарищей по профсоюзу. Утверждение Тейлора о том, что работу можно изучить, проанализировать и представить в виде ряда простых повторяющихся действий, каждое из которых следовало выполнять определенным образом, в определенное время, при помощи подходящих инструментов, изменяло привычное положение вещей.
Методы Тейлора и его единомышленников вызвали настолько сильную реакцию профсоюзов, что в 1911 г. он предстал перед специальным комитетом Конгресса США, созданным специально для того, чтобы разобраться с его системой управления. Комиссии не удалось доказать, что научное управление и хронометраж нарушают права рабочих. Несмотря на это был принят запрет на проведение «исследований рабочих операций» на государственных оружейных заводах и судоверфях, который оставался в силе даже после Второй мировой войны.
Критика «тейлоризма» не затихала многие десятилетия. Тейлор обвинялся в низведении рабочего до уровня существа, способного целенаправленно действовать лишь под влиянием элементарных, в первую очередь материальных стимулов, поскольку его интересы якобы замыкаются на физиологическом уровне, хотя именно Тейлор настаивал на необходимости воспитания у рабочих «добрых чувств по отношению к хозяевам» и ратовал за создание рабочих столовых, детских садов, различных вечерних курсов.