В 16-летнем возрасте, посчитав себя вполне готовым к самостоятельной жизни, Жан-Поль покинул семью и уехал во Францию. К своей исконной фамилии Мара Жан-Поль прибавил букву «т» и отныне стал носить французскую фамилию Марат. Так поступали многие эмигранты. Услышав, что французское правительство снаряжает астрономическую экспедицию в Тобольск, он подал прошение присоединиться к ней. Получив отказ, вероятно, по возрастным мотивам, Жан-Поль в течение трех лет жил в Бордо, где работал воспитателем в семье богатого сахарозаводчика и судовладельца Поля Нэрака.
Непомерное честолюбие не давало покоя Марату, не позволяло засиживаться в роли гувернера. Его воображение будоражил Париж – город больших возможностей, так, во всяком случае, он его себе представлял. В 1762 году, 19-летним юношей, он отправится в Париж, город своей мечты, где обессмертит свое имя. Но пока Марат усердно занимается самообразованием, изучает естественные науки, философию и медицину (обучение не закончил). Марат все больше склоняется к медицине как наиболее верному пути к достижению славы. Разве исцеление неизлечимых больных – не доказательство всемогущества? К концу пребывания в Париже он уже активно лечит больных. Враги Марата позднее станут утверждать, что он занимался продажей подозрительных «магических» лекарств на ярмарках – словом, был бродягой-шарлатаном, каких тогда встречалось немало. Однако эти обвинения не получили подтверждения.
В 1765 году Марат переехал в Великобританию, где в течение 11 лет занимался обширной врачебной практикой в Ньюкастле, Эдинбурге, Дублине и Лондоне. В Лондоне он живет в квартале Сохо и практикует в больницах, в тюрьмах, в рабочих казармах. Научно-медицинские интересы Марата касались преимущественно проблем венерических заболеваний, офтальмологии и электротерапии. На посту городского врача Ньюкастла он принял энергичные меры по борьбе с эпидемиями инфекционных болезней, за что был удостоен звания почетного гражданина этого города.
Первая медицинская работа Марата «Наблюдения над хроническим перелоем», в которой он изложил недостатки современных методов лечения этого урологического заболевания и указал, с его точки зрения, эффективные методы лечения, увидела свет в 1767 году. Для лечения венерических болезней Марат применял бужи собственного изготовления. С их помощью он вводил в уретру лекарства, применял спринцевание вяжущими растворами.