Сохраняя сан священника, Рабле поступил на медицинский факультет университета в Монпелье, где его однокашником был Мишель де Нострадамус, впоследствии ставший лейб-медиком Карла IX и известным астрологом. Стоит сказать несколько слов о факультете Монпелье занимавшего особое место среди медицинских учебных заведений Европы.
Факультет был создан в 1020 году на основе медицинской школы, основанной в 768 году при Доминиканском монастыре. В 1137 году медицинская школа отделилась от монастыря и в 1220 году получила название университета. Согласно уставу от 1240 года после трехлетнего обучения присуждалась степень бакалавра лицам, уже имевшим степень магистра искусств. Бакалавр мог получить также высшее образование, пройдя пятилетний курс науки, включавший изучение Гиппократа, Галена, Авиценны, Разеса, Константина Африканского, Исаака, а также комментарии к ним. В 1289 году университет состоял из трех факультетов: медицинского, юридического и искусств. Все дела медицинского факультета решались на конференциях, которые проводились два раза в год. В 1369 году в Монпелье был создан для студентов медицинского факультета коллеж, рассчитанный на 12 человек, который оказывал студентам денежную помощь. Это была первая попытка ввести стипендию для студентов медиков.
Изучению анатомии на факультете придавалось особое значение. Вскрытия начали проводить после приказа короля в 1376 году, разрешавшего использовать для анатомических целей трупы приговоренных к смертной казни. С тех пор факультет превратился в один из самых авторитетных медицинских учебных заведений мира, прославленный деятельностью многих выдающихся ученых – Арнольда из Виллановы, Ги де Шоллиака, Анри де Мондевилля.
По окончании медицинского факультета Рабле читает лекции в Alma mater по анатомии и выпускает бывшие тогда в моде альманахи. Свою медицинскую деятельность он продолжает в Лионе. И тут он вступает на путь, принесший ему бессмертную славу: в 1532 году появляются (инкогнито из боязни преследования) две первые книги его знаменитого романа «Grandes et incstimables chroniques du grand et e’horme géant Gargantua». Он издал их под псевдонимом «Алкоф-рибас Нозье» (анаграмма его имени и фамилии). Впоследствии появилась книга «Гаргантюа и Пантагрюэль».
Франсуа Рабле ухитрился осветить систему астральных соотношений, в том числе «планетные» металлы и камни. Переходя от одной детали туалета к другой своего персонажа Гаргантюа, великий острослов не упускает случая поиздеваться над суеверием своих современников.