Андреас Везалий рано обнаружил склонность к анатомии. В свободное от университетских занятий время он с огромным увлечением вскрывал и тщательно препарировал домашних животных. Эта страсть не осталась незамеченной. Придворный врач и друг отца Андреаса Николай Флорен, интересовавшийся судьбой юноши, порекомендовал ему обучаться медицине, и только в Париже. Впоследствии, в 1539 году, Везалий посвятил Флорену свой труд «Послание о кровопускании», назвав его своим вторым отцом.
В 1533 году Андреас отправляется изучать медицину в Париж. Здесь три-четыре года он занимается анатомией, слушает лекции итальянского врача, хорошо зарекомендовавшего себя при дворе Франца I, Гвидо-Гвиди (Guido-Guidi, 1500–1569), более известного под именем Видиуса и Жака Дюбуа (Dubois, 1478–1555) (латинизированное имя Сильвий, или Сильвиус, Якобус). Сильвий одним из первых начал анатомические исследования строения полых вен, брюшины и т. д. на человеческих трупах; изобрёл инъекции кровеносных сосудов красящими веществами; описал аппендикс, строение печени, положение полой вены, открыл венные клапаны и т. д. Лекции он читал блестяще.
Везалий также посещал лекции «современного Галена», как называли лучшего врача Европы Фернеля (1497–1558), лейб-медика Екатерины Медичи. Жак Франсуа Фернель, математик, астроном, философ и врач, ввел в медицину несколько ключевых понятий: «физиология» и «патология». Он много писал о сифилисе и др. болезнях, изучал, кроме всего, эпилепсию и точно разграничил типы этого заболевания. В 1530 году Парижский медицинский факультет присвоил ему степень доктора медицины, в 1534 году он получил звание профессора медицины. Его называли первым врачом Франции и одним из самых маститых в Европе.
Везалий не ограничивался посещением лекций Сильвия и Фернеля, он занимается и у Иоганна Гюнтера – швейцарца из Андерлехта, преподававшего в то время в Париже анатомию и хирургию. Ранее Гюнтер преподавал греческий язык в Лувенском университете, а в 1527 году переехал в Париж, где занимался анатомией. Он написал труд об анатомо-физиологических взглядах Галена («четыре книги анатомических установлений, согласно мнению Галена, обращенных к кандидатам медицины»). С Гюнтером у Везалия установились более сердечные отношения, чем с Сильвием. Гюнтер очень ценил своего ученика.