В 1688 году Гоффман занимает должность физиолога в Гальберштадте, а шестью годами позже – профессора клинической медицины только что созданного университета родного города Галле. В 1709 году его приглашают лейб-медиком к Фридриху I. Вскоре, вследствие закулисных интриг, он оставляет Берлин и возвращается в Галле, где до кончины, последовавшей 12 ноября 1742 года, занимается преподаванием.
По мнению Гоффмана, изложенному в его основном девятитомном сочинении «Medicina rationalis systematica» (1718–1740 гг.) – («Система рациональной медицины»), жизнь, здоровье, болезнь, излечение подчинены исключительно законам механики. «Механика есть причина, источник и закон всех явлений», – говорил Гоффман. Гоффман полагал, что «жизнь заключается в движении; сокращения сердца препятствуют смерти, предохраняют тело от разложения; все зависит от известных движений фибр, их расположения и известного соотношения движений в накоплении жидкости». Для объяснения этого движения, называемого Гоффманом жизненным, «нет нужды прибегать к понятию природы, души, жизненных сил, «археи», или какому угодно другому «гению» или жизненному началу», которые ранее использовали ученые.
В переписке с Гоффманом Лейбниц обсуждал не только вопросы химии, но и философские проблемы. Старый философ одобряет его направление и побуждает написать «Рациональную теорию медицины». Лейбниц сообщает своему корреспонденту, что не разделяет взглядов Ньютона, говоря, что тот, кто старается объяснить тяготение первичной силой притяжения, грешит против истины и прибегает к чуду. Лейбниц согласен с Гоффманом, что каждый организм есть механизм, но при этом добавляет: «Только более тонкий и божественный». Лейбниц говорит, что органические тела природы суть божественные машины; допустить в них что-нибудь, что было бы чуждым механизму, – нельзя. Он не желает идти против известного положения своего времени: «В теле все подчиняется механическим, то есть рациональным основаниям».
Фридрих Гоффман допускает существование нервного флюида, обнаруженного английским анатомом и врачом Томасом Уиллисом (Виллизием) (Willis, 1621–1675), и полагает, что «сердце и плотные движущие части организма получают способность к движению и сокращению, силу, тонус и эластичность от очень малых флюидов, находящихся в мозговых желудочках, нервах и самой крови». Отсюда движением мозга часть флюида по нервным трубочкам распространяется по всему организму, другая – циркулирует с кровью. Обе системы находятся в определенной связи. Во всех частях тела нормальный тонус ткани регулируется флюидом. Если нервный флюид протекает в слишком большом количестве, наступает патологическое состояние, спазм, если в малом – развивается состояние атонии. Эти малые флюиды Гоффмана имеют, однако, большое сходство с древними «силами» (spiritus), несостоятельность которых была подчеркнута выше самим же Гоффманом.