На Дальнем Востоке было неспокойно. Японцы господствовали на море и стремились к захвату новых территорий. В состав флота Японии входили 10 авианосцев, 10 линкоров, 35 крейсеров и более 100 эсминцев. Советский Тихоокеанский флот имел примерное равенство с японцами только по подводным лодкам, в остальных видах кораблей он явно уступал. Дальневосточное побережье было практически не защищено, и японское командование могло высадить военные силы в любой точке.
Неотложными задачами нового командующего стали строительство береговых батарей и усиление морской авиации. В ряде пунктов велось усиленное строительство аэродромов и военных городков. Город Владивосток – главная база флота – был оборудован мощными береговыми батареями и авиационным прикрытием, в строй входили новые корабли, укреплялись морские и сухопутные границы, были проведены учения по взаимодействию флота и армейских частей в местах наиболее возможной высадки войск противника.
В декабре 1937 года постановлением ЦИК и СНК СССР был создан Наркомат ВМФ СССР; в марте 1938 года Н.Г.Кузнецов был введен в состав Главного военного совета ВМФ при Наркомате ВМФ.
В июле 1938 года японские войска перешли границу на юге Приморья, возле озера Хасан, стремясь захватить сопки Заозерную и Безымянную, так как с них открывалась прямая дорога на Владивосток. Здесь развернулись ожесточенные бои с большими потерями с обеих сторон. Кузнецов лично выезжал в район боевых действий, а флот непрерывно перебрасывал к местам сражений военные части и грузы и вывозил раненых.
Ожидая нападения японского флота с моря, Николай Герасимович отдал приказ подводным силам занять позиции на возможных путях движения японских кораблей. Торпедные катера также находились в боевой готовности.
28 марта 1939 года Н.Г.Кузнецов был назначен заместителем наркома ВМФ, а 28 апреля 1939 года – народным комиссаром ВМФ.
Новому наркому приходилось решать все вопросы непосредственно со Сталиным. А это было непросто. Мнение Сталина было решающим. Если он соглашался с предложениями наркома ВМФ, то вопрос решался быстро, а если у него была другая точка зрения, то тогда надо было доказывать и доказывать необходимость осуществления той или иной меры. Требовались компетентность, серьезная аргументация и смелость, и Кузнецов обладал необходимой решительностью и ответственностью.