В августе 1941 года нарком ВМФ предложил нанести бомбовые удары по Берлину силами авиации ВМФ с аэродромов острова Эзель. Морская авиация не понесла потерь в первые дни войны, а использование ее для помощи армейским частям в Прибалтике позволило накопить достаточный опыт для проведения такой операции. Ставка дала согласие, возложив всю ответственность на Кузнецова. 7 августа 15 бомбардировщиков Балтийского флота поднялись в воздух и взяли курс на Берлин. Группу возглавил полковник Е.Н.Преображенский. Бомбардировки причинили определенный ущерб германской столице, но более важным было моральное и политическое значение этих налетов. За период с 8 августа по 5 сентября 1941 года на Берлин было совершено 9 налетов и сброшено 311 больших бомб.
В августе 1941 года стало ясно, что Таллин придется оставить, а корабли и войска вывести. Тогда Кузнецов обратился непосредственно в Ставку и получил разрешение на эвакуацию. Эвакуация флота и войск проходила организованно. Около 200 судов и транспортов, взяв на борт 23 тысячи солдат, совершили прорыв из Таллина в Кронштадт в неимоверно трудных условиях, через минные поля при постоянных атаках противника. Все эти силы влились в ряды защитников Ленинграда. Боевое ядро Балтийского флота было сохранено.
Опыт, полученный при прорыве из Таллина, был впоследствии использован при эвакуации войск из Одессы и Севастополя. Операция в Одессе была спланирована так умело, что флот не имел никаких потерь при ее проведении.
В начале 1942 года Кузнецов получил приказ о сформировании новых полков и бригад из моряков для сухопутных операций. В то же самое время шло формирование новой Волжской флотилии. До этого моряки героически защищали Москву, Одессу и Севастополь. В состав Волжской флотилии вошли моряки с Северного, Балтийского и Черноморского флотов, а новые части были укомплектованы в основном моряками Тихоокеанского флота и Амурской флотилии. Пока шло формирование, укомплектование и развертывание новых частей, прошло несколько месяцев. Затем они были переброшены на самый опасный участок фронта – Сталинград. Моряки вошли в состав 2-й гвардейской армии под командованием Р.Я.Малиновского, которая отбила все попытки немецких войск под командованием Манштейна деблокировать окруженную под Сталинградом 6-ю немецкую армию фельдмаршала Паулюса.