Но если «Троица» попала в Троице-Сергиев монастырь только при Иване Грозном, где же тогда она находилась в течение ста пятидесяти лет? И для какого храма она была написана первоначально? В.А. Плугин предполагает, что она попала в Московский Кремль в конце 1540-х годов, когда туда свозилось множество икон из разных городов – Новгорода, Смоленска, Звенигорода, Дмитрова. До передачи в Троице-Сергиеву лавру икона могла находиться либо в Благовещенском соборе Кремля, либо в царских «казнах» – хранилищах, либо в покоях (например, в личной молельне царя). Однако и тут некоторые искусствоведы сомневаются в том, что «Троица» к Ивану Грозному перешла по праву прямого наследования.
В июне 1547 года в Москве случился страшный пожар, во время которого выгорела большая часть Кремля, в том числе все иконное убранство Благовещенского собора и царский дворец с его иконами и сокровищами. Но «Троицы» тогда в Москве не было, она появилась там не позднее 1554 года, поскольку к этому времени для нее уже был изготовлен великолепный золотой оклад. Создать его могли только златокузнецы царских мастерских Кремля.
Вернувшийся на пепелище юный монарх приказал вызвать из Новгорода и Пскова лучших художников, чтобы они украсили иконами и фресками выгоревшие церкви и палаты. Для выполнения этих работ требовалось немало времени, и потому царь разослал во многие русские города «по святые и честные иконы» и велел поставить их в «Благовещении» и других храмах, «доколе новые иконы напишут». Вероятно, тогда-то и появилась в Москве «Троица».
После написания новых икон привезенные ранее по обычаю были возвращены обратно, но не все. Поскольку «святость с государевых дворов» была собственностью царя, то Иван Грозный и оставил у себя «Троицу». Но не просто оставил, а уделил ей особое внимание. Вскоре после победоносного возвращения с Волги он украсил многие прославленные иконы, но ни одну так пышно, как «Троицу».
А в Троице-Сергиев монастырь, предполагает В.А. Плугин, икона попала, возможно, в декабре 1564 года. В это время Иван Грозный ввел опричнину, которая характеризовала собой новый этап в жизни Московского государства. Этап этот ознаменовался внезапным отъездом царя в Александровскую слободу – со всеми приближенными и слугами, со всей казной и «святостью». По дороге в слободу Иван Грозный посетил Троицкую обитель, которая незадолго до того погорела и нуждалась в иконах. Может быть, тогда Иван Васильевич и пожертвовал монастырю лучшее произведение великого мастера.