Художник не обращал внимания на докучливого монаха, который кричал, бесновался и жаловался герцогу. Однако, когда настоятель монастыря стал опять надоедать Леонардо, тот заявил, что если он не найдет ничего лучшего для головы Иуды, а «его будут торопить, то он воспользуется как моделью головой этого столь навязчивого и нескромного настоятеля».
Вся композиция «Тайной вечери» пронизана движением, которое породили слова Христа. На стене, как бы преодолевая ее, развертывается перед зрителем древняя евангельская трагедия. Предатель Иуда сидит вместе с другими апостолами, а старые мастера изображали его сидящим отдельно. Но Леонардо да Винчи выявил его мрачную обособленность куда более убедительно, окутав его черты тенью.
Иисус Христос – центр всей композиции, всего того водоворота страстей, которые бушуют вокруг Него. Христос у Леонардо – идеал человеческой красоты, ничто не выдает в нем божества. Его невыразимо нежное лицо дышит глубокой скорбью, Он велик и трогателен, но Он остается человеком. Точно так же страх, удивление, ужас, живо изображенные жестами, движениями, выражением лиц апостолов, не превосходят обыкновенных человеческих чувств.
То, что увидели пораженные зрители, когда зимой 1497 года они вслед за герцогом и его пышной свитой заполнили простую и строгую трапезную, было совершенно непохоже на предшествовавшие росписи подобного рода. «Картины» на узкой стене, противоположной входу, как будто бы совсем и не было. Видно было небольшое возвышение, а над ним потолок с поперечными балками и стены, образующие (по замыслу Леонардо) живописное продолжение реального пространства трапезной. На этом возвышении, замыкавшемся тремя окнами с видом на горный пейзаж, был изображен стол – точно такой же, как и другие столы в монашеской трапезной. Стол этот покрыт такой же скатертью с простым тканым узором, какими покрыты столы и других монахов. На нем стоит такая же посуда, как и на других столах. Христос и двенадцать апостолов сидят на этом возвышении, замыкая четырехугольником столы монахов, и как бы вместе с ними справляют свою вечерю.
Таким образом, когда сидящие за яственным столом монахи могли быть легче увлечены мирскими прельщениями, им надлежало на вечное поучение показать, что в сердце каждого невидимо может вкрасться предатель и что Спаситель болеет о каждой заблудшей овце. Этот урок монахи должны были ежедневно видеть на стене, чтобы великое поучение проникало в их души глубже, чем молитвы.