В апреле 1059 года на соборе в Риме Николай II обнародовал знаменитый декрет. При активном участии Гильдебранда устанавливался новый порядок избрания пап – коллегией кардиналов – ближайших советников папы, епископов ряда главных церквей Рима. Собрание кардиналов, на котором производились такие выборы, стало называться конклавом (лат. Con clave – с ключом, то есть запертый зал). За императором же оставалось лишь право утверждения папы, избранного кардинальской коллегией. Этот декрет ударял не только по правам феодалов, но и по императорской власти.
Противники реформы из римских баронов и приверженцев императорских прав образовали свою лигу. В июле 1061 года, когда умер Николай II, феодальная партия решила поднести молодому Генриху IV звание патриция вместе с правом избрания папы.
Когда Гильдебранд заставил кардиналов избрать в папы Александра II, не спрашивая на то согласия императора, немецкие епископы и несколько ломбардских избрали в октябре 1061 года антипапу Кадала, епископа Пармского. Кадал вступил в Рим. Началась настоящая война, в которой Александр II одержал победу, и в 1064 году на соборе в Мантуе Германия признала его папой.
После смерти Александра II, последовавшей в 1073 году, на папский престол под именем Григория VII взошел Гильдебранд. Он хотел иметь в лице епископов покорных слуг «апостольского престола» и стремился распространить свою власть в глубь Священной Римской империи. Григорий VII пытался организовать некое «мировое государство» под властью папы. Он намеревался принудить всех христианских королей принести ему ленную присягу и обязать их к ежегодным денежным взносам в пользу Святого престола.
При Григории VII получил развитие институт легатов, особых уполномоченных апостольского престола, которые стали одним из главных орудий папского управления и дипломатии. Папа предписывал повиноваться легатам так, как повиновались бы ему самому. В то же время Григорий требовал отчета от легатов и проверял все их распоряжения.
Григорий VII стремился подчинить власти Рима и империю византийских василевсов, потерпевшую поражение от сельджуков при Манцикерте (1071). Папа всячески навязывал Византии унизительную церковную унию. Когда в 1073 году дипломатические переговоры с византийским императором Михаилом VII зашли в тупик, Григорий VII решил прибегнуть к силе оружия: в 1074 году он задумал направить в Византию рыцарскую армию с Запада, поставив ей задачу – «выручить» из беды греческую церковь, которой угрожают неверные.