В марте 1212 года Фридрих прибыл в Рим; он присягнул на верность Иннокентию III за Сицилийское королевство. Затем 9 декабря 1212 года принял корону Германии.
Однако Иннокентию все-таки удалось обезопасить папский престол, получив от Фридриха ленную присягу в отношении Сицилии. Фридриху пришлось также уступить папству и ряд привилегий в нарушение Вормсского конкордата. Обширнейшие архиепископские и монастырские земли выпадали из-под власти императора и в военном смысле, и в финансовом. Поэтому предоставление папе права назначения духовных князей равносильно было подрыву императорской мощи и созданию грозной опасности внутри империи со стороны зависимых от папы прелатов церкви.
Иннокентий III воспользовался борьбой между Капетингами и Плантагенетами для подчинения Англии. Когда освободилась кентерберийская архиепископская кафедра, Иннокентий III, несмотря на противодействие Иоанна Безземельного, отдал ее Стефану Лангтону (1206), затем наложил интердикт на Англию, отлучил короля от церкви, объявил его низложенным и предложил английскую корону Филиппу-Августу. Вынужденный уступить, Иоанн Безземельный отдал Римской церкви Англию и Ирландию и принял их обратно как лен (1213).
Но Англия не хотела делить унижение со своим королем. Во время своей борьбы с баронами и народом вынужденный подписать Великую хартию (1215) Иоанн Безземельный обратился к папе за помощью. Иннокентий III заступился за него.
Англия была надолго превращена в вассальное государство римского престола.
Одним из важнейших направлений международной политики Иннокентия III была организация новых крестовых походов, теперь уже не только против «неверных» мусульман, но и против «язычников» – прибалтийских народов и славян Восточной Европы, а также против еретиков, не признававших папской власти. Денежные сборы, проводившиеся под благочестивыми предлогами (для финансирования Крестовых походов), фактически обогащали папскую казну; проповедь этих походов служила усилению папского авторитета; действительной целью Крестовых походов в глазах папы было сокрушение его врагов и подчинение власти Папской курии новых народов и областей.
По инициативе Иннокентия III был организован Четвертый крестовый поход на Восток (1202–1204). Иннокентий III увидел в этом удобный случай реализовать старые антивизантийские замыслы Папской курии; он рассчитывал, создав угрозу Константинополю, добиться подчинения греческой церкви католическому Риму.