Папа в ответ настаивал на немедленном освобождении легата. Бонифаций лишил французского короля права собирать налоги с духовенства и запретил французскому клиру платить что-либо королю без разрешения папы. Он обвинял Филиппа IV в захвате церковного имущества, в тиранических действиях и других проступках и объявлял о своем решении созвать французское духовенство на церковный собор, который должен был открыться в Риме 1 ноября 1302 года.
Филипп велел торжественно сжечь папскую буллу на паперти собора Парижской Богоматери. Последовала искусная кампания против папы, организованная легистами. Были пущены в ход фальшивки: вымышленные папские буллы и вымышленные же ответы на них короля. Эти фальшивки многими принимались за правду. Играя на национальных чувствах, легисты представляли дело как стремление Бонифация превратить Францию в вассальное государство. Сторону короля приняли университеты, монастыри и города; прозвучали голоса, требования созвать церковный собор и сместить недостойного – папу.
В апреле 1302 года Филипп IV созвал в Париже первые в истории Генеральные штаты. На них присутствовали представители духовенства, бароны и прокуроры главных северных и южных городов. Чтобы возбудить негодование депутатов, им зачитали подложную папскую буллу, в которой претензии папы были усилены и заострены.
В мае 1302 года во Фландрии вспыхнуло восстание, вызванное тяжелым бременем налогов. В знаменитой «битве шпор» при Куртрэ ополчения фландрских городов нанесли жестокое поражение королевским рыцарям. Вся Фландрия была очищена от французов.
В апреле 1303 года папа отлучил короля от церкви и освободил семь церковных провинций в бассейне Роны от вассальной зависимости и от присяги на верность королю. Тогда Филипп объявил Бонифация лжепапой (действительно, существовали некоторые сомнения в законности его избрания), еретиком и даже чернокнижником.
Французский король потребовал созвать Вселенский собор, но при этом говорил, что папа должен быть на этом соборе в качестве пленника и обвиняемого. От слов он перешел к делу.
Один из видных (и наиболее хитроумных) членов королевского совета, легист Гийом Ногаре, был направлен к папе с вызовом на церковный собор. Но после встречи с Ногаре папа заболел и 11 октября умер.
Притязания пап на верховенство потерпели поражение в борьбе с королевской властью. Важным последствием борьбы Филиппа IV с Бонифацием VIII было еще и то, что король впервые установил прецедент обращения с апелляцией на папские решения ко Вселенскому собору, который ставился таким образом выше папы. Этой идее суждено было впоследствии сыграть важную роль как во время раскола в Западной церкви, так и несколько веков спустя.