Происхождение и дата рождения Ивана Михайловича Висковатого неизвестны. Впервые его имя упоминается в дипломатических делах 1542 года. Из них следует, что он был подьячим и писал перемирную грамоту с Польшей.
С января 1549 года в посольских книгах все чаще встречается указание на то, что привезенные послами грамоты царь приказывает принимать Висковатому.
2 января 1549 года он отбыл к ногайским послам. 17 января – к бывшему астраханскому «царю» Дербышу. 22 января – «с ответом» к литовским послам. Тогда же в присутствии иностранных послов царь Иван IV приказал называть подьячего Висковатого дьяком. Официальное повышение состоялось несколькими месяцами позже и было связано с назначением Висковатого начальником Посольского приказа.
С 1549 по 1559 год в Москву приезжали 32 посольства из разных стран. Во всех переговорах участвовал Висковатый.
Иван Михайлович, как руководитель Посольского приказа, ведал перепиской царя и Боярской думы с иноземными послами, участвовал в предварительных переговорах, решал вопросы, связанные с приездом и пребыванием в Москве иностранных дипломатов, готовил русские посольства для отправки в разные страны.
Как ближний государев дьяк Висковатый делал записи, которые затем использовались в качестве заготовок для официальной летописи. Кроме того, став главой Посольского приказа, Иван Михайлович получил в свое ведение Царский архив, содержавший огромное количество рукописных книг и различных государственных актов московских великих и удельных князей, их родословные, правительственное делопроизводство, всю документацию внешнеполитического характера, а также различные следственные материалы.