Но основать новую династию Борису Годунову не пришлось – слишком сильны были его противники, знатные семейства князей Шуйских и бояр Романовых.
После смерти царя Бориса в 1605 году в России началась ожесточенная борьба за власть. Она сопровождалась заговорами, появлением царей-самозванцев и иностранной интервенцией. Период 1605–1612 годов вошел в историю под названием Великой Смуты.
В 1612 году народное ополчение во главе с князем Дмитрием Пожарским и купцом из Нижнего Новгорода Кузьмой Мининым после упорных боев с поляками, длительной осады Китай-города и Кремля освободило Москву от интервентов. По свидетельству современников, перед вошедшими в Кремль предстала картина полного запустения. Церкви были ограблены и осквернены, значительно пострадала царская сокровищница, все деревянные постройки были разобраны на дрова и сожжены. Всем миром москвичи стали расчищать кремлевский холм от всего, что напоминало о захватчиках.
В начале 1613 года в Грановитой палате Кремля был созван Земский собор, который избрал на царство шестнадцатилетнего Михаила Федоровича Романова – первого царя новой династии, правившей в России триста лет. В 1635–1636 годах «каменных дел подмастерья» Бажен Огурцов, Антип Константинов, Трефил Шарутин и Ларион Ушаков возвели для царя Михаила Федоровича Теремной дворец с приемными залами и жилыми покоями. Его живописный силуэт, высокая кровля и яркий декор придали парадной половине Государева двора празднично-нарядный облик.
XVII век был настолько насыщен событиями, что люди, жившие в это столетие, назвали его «бунташным». При этом они имели в виду не только восстания и войны, но и сам характер жизни русского общества. Середина XVII века была отмечена глубоким идеологическим кризисом, вошедшим в историю под названием Великого раскола. Его причиной стала реформа русской церкви, вдохновителем которой был царь Алексей Михайлович – сын царя Михаила Романова, а проводил ее на первых порах царский любимец – патриарх Никон.
В 1652–1656 годах, в период взлета своей карьеры, Никон перестроил патриарший дворец в Кремле. Исполнителями заказа были русские мастера Алексей Корольков и Иван Семенов. Особое восхищение современников вызывал парадный зал дворца – Крестовая палата, где заседали церковные соборы и устраивались пиры в честь высоких гостей. В каменных палатах дворца хранились сокровища Патриаршей ризницы, не менее ценные, чем Государева казна.