Несмотря на интерес к истории музея, особенно проявившийся в последнее десятилетие, остается множество белых пятен, не выявленных фактов, не обнаруженных документов. Прежде всего, это касается вопросов ведомственного подчинения музея, развития его структуры и штата, что в значительной степени определяло все сферы музейной работы и вместе с тем отражало осознание обществом значимости кремлевской сокровищницы.
Осмысление опыта и традиций, пути, пройденного музеем, могут быть чрезвычайно важны для определения его истинного места в культуре России.
Статус музея Мастерская и Оружейная палата получает в соответствии с Указом императора Александра I «О правилах управления и сохранения в порядке и целости в Мастерской и Оружейной палате ценностей» от 10 марта 1806 года. Разработкой концепции, формированием штата и проведением основных мероприятий по созданию музея руководил действительный тайный советник Петр Степанович Валуев. Указ завершил процесс реформирования системы управления кремлевской сокровищницей и стал поворотным пунктом в истории создания музея в Московском Кремле. Он устанавливал правила и нормы, которые позволяют говорить о том, что с этого времени Мастерская и Оружейная палата начинает развиваться как музейное учреждение со всеми присущими ему функциями.
Согласно Правил запрещалось продавать или выдавать из музея какие-либо ценности без особого на то предписания императора. Ответственность за сохранение экспонатов, их перемещения внутри музея, розыск «достопамятностей», ранее выданных из палаты, а также ответственность за штат служащих возлагалась на главноначальствующего над Мастерской и Оружейной палатой П.С. Валуева. Музей входил в ведение Экспедиции Кремлевского строения, которую также возглавлял Валуев. Однако в силу специфики своей деятельности музей имел свое особое Присутствие – штат чиновников, делопроизводство, финансирование.
Штат палаты состоял из главноприсутствующего (на эту должность был назначен Д.И. Киселев), трех непременных членов, правителя канцелярии и его помощника, секретаря и экзекутора, возглавлявшего 14 присяжных, выполнявших техническую работу и наблюдавших за сохранностью «палатских достопамятностей… во время публичных обозрений». Мастеровые, ранее составлявшие значительную часть штата палаты, были полностью выведены из него.