В то время Роджер не только вернул свои законные владения в Ирландии, но и присвоил новые поместья, несколько из которых (Мортимерс Кирк и Монтгомери) подарила ему сама королева. Ее фаворит правил жестоко и отличался особой кровожадностью. Он отдавал приказы о казнях неугодных ему людей, смещал подозрительных приближенных и отдалял тех от двора. А влюбленная в красавца графа Изабелла практически не могла влиять на его решения в государстве. Когда-то сильная, трезвая и расчетливая, теперь француженка, казалось, полностью зависела от воли любовника.
Однако править страной ему было суждено не долго. Недовольные политикой жадного и надменного графа, знатные английские бароны задумали осуществить против Мортимера переворот и убедили Эдуарда III, которому в то время исполнилось восемнадцать лет, посодействовать им в этом. Тот, давно питавший ненависть к своему незаконному регенту, собрал несколько вооруженных солдат и однажды ночью ворвался в спальню королевы-матери, арестовав любовников. Их посадили в Тауэр, а через некоторое время состоялся суд, на котором Роджера Мортимера приговорили к смертной казни, а Изабеллу – к заточению в тюрьме.
29 ноября 1330 года Мортимер был казнен, а у Изабеллы отобрали титул английской королевы. Проведя долгие годы под стражей, она, наконец, добилась у Эдуарда III разрешения уйти в монастырь, где и скончалась в 1358 году.
Ее сын управлял страной до 1377 года, начал войну с Францией, которая длилась долгих сто лет. О нелюбимой матери и злом графе Мортимере Эдуард III вспоминать не любил.