С этого момента его судьба оказалась тесно связанной с русским царем. Вместе с Петром Брюс воевал под Азовом. Когда Петр в составе Великого посольства отправился за границу, Яков в 1697 году прибыл к нему в Амстердам и привез составленную им карту земель от Москвы до Малой Азии для печатания.
Об отношении к нему Петра в тот момент красноречиво говорит такой факт. Перед отъездом из Москвы Брюс получил сильный ожог руки в доме князя-кесаря Ф.Ю. Ромодановского. Петр во время длительных отлучек из Москвы передавал князю-кесарю бразды правления, относился к нему с подчеркнутым уважением и в письмах смиренно подписывался: «Всегдашний раб пресветлейшего вашего величества бомбардир Петр».
Но узнав о печальном происшествии, Петр в гневе забыл об этикете. «Зверь! Долго ли тебе людей жечь? И сюды раненые от вас приехали», – написал он Ромодановскому. А зная о пристрастии князя к крепким напиткам, на аллегорическом языке именуемым Ивашкой Хмельницким, еще и добавил: «Перестань знатца с Ивашкою, быть от него роже драной».
Правда, грозный глава Тайного приказа угроз не побоялся, ответил с невозмутимым достоинством: «В твоем же письме написано ко мне, будто я знаюся с Ивашкою Хмельницким: и то, господине, неправда… Неколи мне с Ивашкою знатца, всегда в кровях омываемся; ваше то дело на досуге стало знакомство держать с Ивашкою, а нам недосуг. А что Яков Брюс донес, будто от меня руку обжег, и то сделалось пьянством его, а не от меня».
Петр сбавил тон и предпочел шуткой заключить мировую: «Писано, что Яков Брюс с пьянства своего то сделал; и то правда, только на чьем дворе и при ком? А что в кровях, и от того, чаю, и больше пьете для страху. А нам подлинно нельзя, потому что непрестанно в ученье».
Петр, ценивший разносторонние научные познания Брюса, в 1706 оду передал в его ведение Московскую гражданскую типографию. Отсюда вышел первый календарь, получивший в народе название «Брюсова календаря». На самом деле составителем календаря был В.А. Киприанов, а Брюс только курировал его работу.
Житель московской ремесленной слободы Кадаши, торговец, поставлявший в Оружейную палату свечной товар, Киприанов в то же время увлекался математикой, изучил навигацию, владел иностранными языками, освоил искусство гравирования, интересовался астрологией. Он-то и подал Петру идею выпустить общедоступный календарь. По его гадательным таблицам можно было получить предсказание на любой день любого года, что обеспечило календарю большую популярность не только в XVIII столетии, но и в XIX.