Даже саму смерть Брюса порой приписывали его магическим экспериментам.
В частности, крестьяне из села Чернышино Калужской губернии, принадлежавшего когда-то Брюсу, рассказывали, что хозяин был царским «арихметчиком», знал, сколько звезд на небе и сколько раз колесо повернется, пока до Киева повозка доедет. Взглянув на рассыпанный перед ним горох, он мог сразу назвать точное количество горошин: «Да мало ль еще, что знал этот Брюс: он знал все травы этакие тайные и камни чудные, составы разные из них делал, воду даже живую произвел…»
Решив испробовать чудо оживления и омоложения на себе самом, Брюс будто бы повелел верному слуге разрубить себя на части мечом и потом поливать «живой водой». Но для этого нужен был долгий срок, а тут царь некстати хватился своего «арихметчика». Пришлось слуге во всем сознаться и показать тело господина.
«Глядят – тело Брюсово уж совсем срослось и ран не видно; он раскинул руки, как сонный, уже дышит, и румянец играет в лице». Однако возмутился православный царь, сказал с гневом: «Это нечистое дело!» И повелел похоронить чародея в земле на веки вечные.
В качестве мага и чернокнижника Брюс фигурирует и в сочинениях русских писателей – в частности, в повести В.Ф. Одоевского «Саламандра» и незавершенном романе И.И. Лажечникова «Колдун на Сухаревой башне».
Новая реальность XX века вносила в легенды о Брюсе свои коррективы. Утверждали, будто он не умер, а создал воздушный корабль и улетел на нем неведомо куда. Царь же повелел книги его замуровать (опять-таки в Сухаревой башне), а все снадобья – сжечь.
В судьбе Брюса и в самом деле есть что-то загадочное. Неясно, где и как сын служилого дворянина сумел получить такое блестящее образование, которое позволило ему затем овладеть глубокими познаниями в самых различных областях науки. Непроницаемыми для постороннего взгляда остались его внутренний мир и домашняя жизнь, особенно в последние годы, проведенные почти в отшельническом уединении.
«Судя по некоторым данным, Яков Вилимович обладал скорее скептическим, чем мистическим складом ума, – пишет по этому поводу кандидат филологических наук И. Грачева. – По свидетельству одного из современников, Брюс не верил ничему сверхъестественному». И когда Петр показывал ему нетленные мощи святых угодников в новгородской Софии, Брюс «относил сие к климату, к свойству земли, в которой прежде погребены были, к бальзамированию телес и к воздержанной жизни…»