Все команды были выведены в степь. Не хватало лекарей, их обязанности принимали на себя командиры. Капитан Феодор Ушаков стал твердо устанавливать особый карантинный режим. Всю свою команду он разделил на артели. У каждой имелась своя палатка из камыша, по сторонам которой были установлены козлы для проветривания белья. На значительном удалении располагалась больничная палатка. Если в артели появлялся заболевший, его немедленно отправляли в отдельную палатку, а старую вместе со всеми вещами сжигали. Остальные артельщики переводились на карантин. Общение одной артели с другой было строго запрещено. Ушаков сам неустанно за всем этим следил. В результате энергичных действий Феодора Ушакова в его команде чума исчезла на четыре месяца раньше, чем в других. В самое тяжелое по напряженности время эпидемии он никого не посылал в госпиталь, переполненный больными, и спас от смерти многих, пользуя их при команде. Здесь проявились, конечно, его исключительные способности решать самые трудные и неожиданные задачи; но, главным образом, здесь сказалась великая любовь Феодора Ушакова к ближним своим, любовь милующая, сострадательная, подсказывавшая ему наиболее верные решения.
За умелые действия и проявленные при этом старания Феодор Ушаков был произведен в капитаны первого ранга и награжден орденом святого Владимира четвертой степени.
* * *
Трактатом между Россией и Турцией от 28 декабря 1783 года Крым был окончательно присоединен к России. И тогда же Екатериной II был издан указ об устройстве на южных рубежах новых укреплений, среди которых необходимо было выстроить и «крепость большую Севастополь, где ныне Ахтияр и где должны быть Адмиралтейство, верфь для первого ранга кораблей, порт и военное селение». В августе 1785 года в Севастополь из Херсона на 66-пушечном линейном корабле «Святой Павел» прибыл капитан первого ранга Феодор Ушаков.
11 августа 1787 года Турция объявила войну России. Для ведения боевых действий были развернуты две армии: Екатеринославская под предводительством генерал-фельдмаршала ГА. Потемкина-Таврического и Украинская генерал-фельдмаршала П. А. Румянцева-Задунайского. На первое время им предписывалось лишь охранять российские границы и только Севастопольскому флоту было велено действовать решительно. Вскоре произошла первая генеральная баталия.