. Выдержки требовалось много… И следовало запастись знаниями, хотя было еще неизвестно, к чему придется применить их. Кончил он семинарию первым учеником. За блестящие успехи Иван Ильич Сергиев был принят на казенный счет в Санкт-Петербургскую Духовную Академию. Произошло это в 1851 году, и в том же году умер его еще не старый отец. Мать и сестры остались на попечении молодого студента.
Управление Академии предложило Ивану Ильичу занять должность писаря в канцелярии за девять рублей в месяц. Весь свой скудный заработок он отсылал домой. Письмоводительское место дало, кроме жалованья, еще и уединение. У студента появилась «своя» комната – благо, которого были лишены остальные. Эта комната стала местом первых молитвенных и подвижнических трудов праведника.
Студент Иван Сергиев очень любил гулять в академическом саду и там размышлять и молиться. Привычка совершать свое молитвенное правило под открытым небом сохранилась у него на всю жизнь. Беседовал он и с товарищами на высокие темы, в частности – о привлекавшей его на старших курсах мечте стать миссионером в далеких странах, например в Китае.
Особых, настоящих друзей у Ивана Сергиева не было. Театров и вечеринок он не посещал, все свободное время посвящал чтению. С благодарностью вспоминал отец Иоанн годы, проведенные в Академии: «При слабых физических силах я прошел три школы: низшую, среднюю и высшую, постепенно образуя и развивая три душевные силы – разум, сердце и волю. Высшая духовная школа имела на меня особенно благотворное влияние. Богословские, философские, исторические и разные другие науки, широко и глубоко преподаваемые, уясняли и расширяли мое миросозерцание, и я, Божией благодатью, стал входить в глубину богословского созерцания…».
На последнем курсе Академии Иван Сергиев отказался от своей мечты стать православным миссионером среди язычников. Он понял, что в христианском просвещении сильно нуждается и его родной народ. Несколько раз студент Сергиев видел пророческий сон: отчетливо являлся незнакомый собор, в алтарь которого он, священник, входит северными и выходит южными вратами. Посетив в первый раз Кронштадтский Андреевский собор, Иван Сергиев сразу узнал в нем храм, виденный во сне. Он понял, что Промысл Божий зовет его к пастырской деятельности.
И так случилось, что после окончания Академии в 1855 году Ивану Ильичу Сергиеву предложили место священника в Кронштадтском соборе в честь святого апостола Андрея Первозванного.