Охраны требуют не только чистейшие воды и реликтовые ельники (на горе Ицыл на Длинном мысу), но и археологические памятники. На берегах озера обнаружены следы обитания человека в течение тысячелетий. Особенно интересные находки открыты на мысах Каменный и Долгий Ельник. Стоянки на озере Зюраткуль представляют собой большую ценность, это единственное на Урале высокогорное поселение эпохи каменного века (17 тысяч лет назад). Эти стоянки представляли собой временные жилища охотников и рыболовов с остатками предметов быта, орудий труда (из яшмы, кремния, сланца), отходами производства. Когда-то елово-пихтовые леса росли в горах на Южном Урале почти повсеместно, дремучие беспросветные заросли рождали фантастические легенды. Оставшиеся островки реликтовых ельников – особая ценность.
Высоты увенчаны нагромождениями скал, более ровные участки покрыты горной тундрой с карликовыми березками и ивой, можжевельниками и ягодниками; большие участки заняты мхами и лишайниками. На склонах хвойные леса чередуются каменными реками – курумами; это разгаданный географами природный феномен горного рельефа. Камни от промерзания и оттаивания движутся вниз по склону, как реки, только каменные. А еще наводящие мистический страх болота, вплоть до водоразделов.
В более поздний период, когда на Урале обитали племена татар и башкир, о природных памятниках Зюраткуля слагались легенды и сказания, связанные с татаро-башкирскими названиями. И многие из них отражали необычность места и странные ощущения, которые человек испытывал вблизи этих форм рельефа. Например, Москаль – «ведьмина гора», хребет Нургуш – «светлая птица» и т. д. Само слово «зюраткуль» имеет несколько недословных переводов – «большое лошадиное озеро», «могильное озеро», «озеро, в котором, как в зеркале, отражаются горы», «сердце-озеро». Последний считается наиболее популярным. Существует несколько легенд, объясняющих такой перевод, например о девушке Амине – первой красавице племени, залюбовавшейся своим отражением в зеркальной глади озера и потому отвергнувшей любимого. Верное сердце не стерпело самовлюбленности хозяйки, выпрыгнуло из груди и навсегда осталось на дне озерных вод. После этого воды стали кристально чистыми, как настоящая любовь, и вечно холодными, как коварная душа. Амина же навсегда окаменела и превратилась в часть хребта Зюраткуль – Голую Сопку (1198 м).