27 мая 2004 г. на парламентских слушаниях «Совершенствование законодательства о свободе совести и о религиозных организациях: практика применения, проблемы и пути решениях» проходило обсуждение вопросов, связанных с разработкой проекта новой редакции Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях». Этот проект разрабатывался рабочей группой, созданной при правительственной комиссии по вопросам религиозных объединений, во главе с заместителем председателя комиссии А.Е. Себенцовым.
Юрисконсульт Московской Патриархии К.А. Чернега, комментируя законопроект, отметила наличие в нем норм, способствующих созданию и активизации деятельности нетрадиционных религиозных объединений.
Законопроектом отменялся 15-летний срок существования на территории Российской Федерации в качестве условия государственной регистрации религиозного объединений; было снято требование об уведомительном порядке создания религиозных групп, претендующих приобрести впоследствии статус религиозных организаций. В результате религиозные группы становились фактически недоступными для контроля со стороны тех органов, которые уполномочены осуществлять контроль за соблюдением законодательства о противодействии экстремистской деятельности в России.
Законопроект содержал статьи, в силу которых органы юстиции и прокуратуры вправе «знакомиться с документами религиозного объединения, связанными с осуществлением его деятельности; направлять наблюдателей на богослужения и собрания местных религиозных организаций и религиозных групп, а также на проводимые ими публичные мероприятия; направлять своих представителей по предварительному согласованию с религиозными организациями на иные проводимые ими мероприятия».
Однако эти полномочия были сформулированы абстрактно. Во-первых, не ясно, с какими именно документами религиозного объединения вправе знакомиться органы юстиции и прокуратуры; основания запроса соответствующих документов не указаны. Во-вторых, в проекте не были определены права и обязанности наблюдателей и представителей упомянутых органов. В-третьих, не установлена процедура согласования с религиозной организации решения о направлении представителя органа юстиции или прокуратуры на проводимые религиозной организацией мероприятия, в частности, не указаны последствия отказа религиозной организации от участия представителя в упомянутых мероприятиях.