Были ликвидированы три религиозные организации:
приход православной церкви Михаила Архангела (исключена из реестра в связи с добровольной ликвидацией. Распоряжение № 139 от 28 августа 2001 г.);
религиозная организация «Православно-религиозный Центр по воссозданию православных Храмов» (ликвидирована по решению Московского районного суда г. Чебоксары 22 января 2002 г. Распоряжение № 143 от 24 июня 2002 г.);
религиозная организация Единой Веры «Чебоксарская Церковь Последнего Завета» (распоряжение от 29 марта 2004 г. № 114).[11]
Однако ликвидация религиозной организации как юридического лица на практике не всегда влечет прекращение деятельности этого религиозного объединения. Ликвидированные религиозные организации продолжают свою деятельность в качестве религиозной группы. На территории Российской Федерации без государственной регистрации действуют «Белое Братство», сатанинские группы и др.
Законодатель использует конституционно-правовой институт запрета для того, чтобы ввести некий аналог института ликвидации для тех религиозных объединений, которые не имеют статуса юридического лица.
Между тем институт запрета того или иного объединения – это жесткое средство конституционно-правового воздействия, которое должно иметь адекватные правовые последствия, отличные от последствий применения гражданско-правового института ликвидации юридического лица. Одним из таких последствий должен быть запрет на воссоздание запрещенного объединения без каких-либо оговорок относительно срока действия такого запрета.[12]
Некоторые религиозные объединения, которым по каким-либо причинам отказано в государственной регистрации, приобретают статус юридического лица в виде общественных объединений, изменив при этом в своих уставных документах цели и задачи деятельности, учредителей. Так, в Приморском крае последователи Ассоциации Святого Духа за объединение мирового христианства – Церкви объединения (Церкви Муна) зарегистрировали Владивостокское объединение федерации «Женщины за мир во всем мире», последователи Ананда-Марга – Приморскую краевую общественную организацию «Амурт-Владивосток».
Нарушения прав человека часто выражаются в стремлении различных групп скрыть псевдорелигиозную сущность под названиями «фонд», «центр» и т. п. или в стремлении получить статус религиозной организации, так как этот статус связан с более широкими экономическими возможностями, предоставлением налоговых и иных льгот.